Escuela de Ciencias Biológicas
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Misión
Generar conocimiento y formar profesionales en Biología en las áreas:
Recursos Naturales Acuáticos y Terrestres, Biotecnología y Enseñanza de las Ciencias.
Con principios éticos, conciencia ambiental y visión de futuro.
Para la evaluación, ordenamiento, manejo y conservación del ambiente.
Facilitar su proceso de enseñanza y aprendizaje.
Por medio de la docencia, la investigación, la extensión y la producción.
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Ítem A New Hybrid of Serpocaulon (Polypodiaceae) from Costa Rica(Bio One Research Evolved, 2013) Rojas Alvarado, Alexander; Chaves-Fallas, José MiguelA new hybrid Serpocaulon 3 sessilipinnum A. Rojas & J.M. Chaves is described. The new taxon has characters intermediate between S. fraxinifolium (Jacq.) A.R. Sm. and S. ptilorhizon (Christ) A.R. Sm., which are related mainly with leaf size, rhizome scales, shape and division of blade, shape and width of pinnae, number of areolae and sori series, and shape and color of sporesÍtem Análisis de la integración del contexto, vivencias o cotidianidad estudiantil en la enseñanza y aprendizaje de la biología, mediante el abordaje de la temática ambiente, con participantes de las Olimpiadas Costarricenses de Ciencias Biológicas 2023(Universidad Nacional (Costa Rica), 2023) Coto Chinchilla, Valeria; Pereira Chaves, José MiguelResumen. Para esta investigación se analizó la integración del contexto, vivencias o cotidianidad en la enseñanza y aprendizaje de la biología con la temática de ambiente en los participantes de las Olimpiadas Costarricenses de Ciencias Biológicas, 2023, para la generación de lineamientos que favorezcan la compresión de los contenidos disciplinares en las personas estudiantes.Ítem Antimicrobial activity of diverse chemotypes of Lippia graveolens against Aeromonas hydrophila isolated from tilapia(Cold Spring Harbor Laboratory (Estados Unidos), 2023-07-25) García-Pérez, Josué; Perez-Sabino, Juan Francisco; Mendoza, Susana; Ribeiro da Silva, Antonio Jorge; Ulloa Rojas, Juan B.Objetive: This study aimed to evaluate the antimicrobial efficacy of essential oil (EO) from diverse chemotypes of Lippia graveolens against oxytetracycline-resistant Aeromonas hydrophila, which primarily affects the tilapia aquaculture (Oreochromis sp) in Guatemala. Methodology: L. graveolens were collected in three departments in Guatemala, the EO was obtained by hydrodistillation and characterized by gas chromatography and mass spectrometry (GC/MS). Subsequently, an antimicrobial assay was conducted by screening the disk and dilution susceptibility tests, and evaluation of synergistic interactions among the chemotypes, each test being carried out in triplicate. Results: The analysis revealed the presence of twenty-seven compounds in the EO obtained from the chemotypes, the main class being monoterpene. The major constituents identified were cis-Dihydro-β-terpineol (8.84%) in chemotype I, carvacrol (51.82%) in chemotype II, and thymol (79.62%) in chemotype III. All EO chemotypes of L. graveolens demonstrated the ability to inhibit the A. hydrophila growth. Thymol chemotype exhibited the strongest inhibitory effect against bacterial growth, with a minimum inhibitory concentration (MIC) of 92.4 µg/mL and a minimum bactericidal concentration (MBC) of 184.8 µg/mL. Furthermore, the results suggest that there is no synergistic or additive effect when combining different chemotypes of L. graveolens. Conclusions: This the first report of L. graveolens chemotypes exhibiting antimicrobial activity against oxytetracycline-resistant A. hydrophila. The findings suggest the chemotype thymol could be a potential treatment for infections in the tilapia aquaculture in Guatemala.Ítem Apps en la enseñanza de la Biología como herramientas tecnológicas para la potenciación de las habilidades: responsabilidades personal y social, resolución de problemas y apropiación de tecnologías digitales en las Olimpiadas Costarricenses de Ciencias Biológicas 2017(Universidad Nacional (Costa Rica), 2018) Campos Granados, Johanna Gabriela; Ramírez Villabos, Stephania; Pereira Chaves, José MiguelEsta investigación tuvo como propósito analizar los aportes que generan las Apps en la enseñanza de la Biología como herramientas tecnológicas para la potenciación de las habilidades responsabilidad personal y social, resolución de problemas y apropiación de tecnologías digitales en las Olimpiadas Costarricenses de Ciencias Biológicas 2017. Responde a un enfoque mixto y fue un estudio de tipo explicativo secuencial. La recolección de la información se llevó a cabo mediante tres cuestionarios los cuales comprendieron preguntas de carácter icotónico, dicotónico y politómico. Se realizaron dos grupos focales con modalidad presencial el primero de estos y un segundo con modalidad virtual. Los sujetos de investigación fueron los estudiantes participantes de las XI OLICOCIBI 2017 pertenecientes a la categoría A. Así como los docentes que participaron con sus estudiantes en dichas justas académicas. Los principales resultados muestran que las actividades más empleadas como recurso didáctico a través de TIC mediante el uso del teléfono móvil son las redes sociales y uso del paquete de Office. En el mismo, se determinó que las Apps empleadas por los docentes de Biología se encuentran plataformas, organizadores de información, redes sociales y nubes de respaldo de información. Además, docentes y estudiantes consideran que la habilidad más potenciada con la implementación de TIC y Apps es la apropiación de tecnologías digitales, seguido por la habilidad de resolución de problemas. En conclusión, las TIC con mayor recurrencia dentro de los centros educativos corresponden al Proyector multimedia, computadoras de escritorio, laptops y TV. Se evidenció que el uso de las Apps en las aulas responde a la promoción de las habilidades según la nueva Política curricular del MEP. Por otra parte, la producción didáctica validada responde a lo identificado en relación con la necesidad de proporcionar herramientas innovadoras a los docentes para que se empoderen en la promoción de habilidades mediante el uso de Apps como tecnologías emergentes promoviendo el desarrollo de nuevas competencias en el estudiantado, generando una invención y crecimiento en el proceso educativo a miras de un desarrollo tecnológico mayor. Finalmente, entre las principales recomendaciones se sugiere que, para un correcto uso de Apps en Enseñanza de la Biología, el educador debe adecuarla a cada necesidad de la población estudiantil, de igual forma, es necesario un cambio de evaluación en el aula, pues la actual es de carácter sumativo y no coincide con la nueva Política curricular del MEPÍtem Áreas protegidas de Costa Rica: Fragmentación, tamaño y forma(Instituto Centroamericano para la investigación en biología y conservación, 2011-10) Sandoval Hernández, Iván; Castillo Chinchilla, MaikolLa reducción en el tamaño del hábitat y la fragmentación ha sido considerada como una de las principales causas de extinción de las especies. Como una estrategia para disminuir el efecto de los procesos de fragmentación en Costa Rica se crearon Áreas Protegidas (AP), como una medida de mitigación a procesos de fragmentación que sufrió el país. Se realizó un análisis de la base de datos de áreas protegidas del Atlas Digital de Costa Rica y se calculó el tamaño (Ha), perímetro, área, la medida del vecino más cercano y los índices de Forma Euclidiana de las AP de Costa Rica. Encontramos que las AP de Costa Rica presentan tamaños variables (1331 Ha en Reservas Naturales Absolutas, hasta 621039 Ha en Parques Nacionales). El índice de forma MSI, varió desde 1 en áreas con formas geométricas (Reservas Naturales Absolutas), hasta a 20 (Reservas indígenas con conformas más complejas). La dimensión fractal presentó valores bajos (1.18 a 1.28), lo cual indica que las áreas protegidas de Costa Rica tienden a las formas geométricas y no fractales. El índice perimetral varió de 3 a 33, lo cual indica que las áreas protegidas tienen formas compactas, con una alta exposición a los efectos de la matriz. La distancia general entre las AP es de 17161 metros. Con excepción de algunos parques nacionales, pocas áreas protegidas presentan tamaños grandes, los cuales se requieren para el mantenimiento de procesos naturales y dinámicos en paisajes con algún grado de fragmentación.Ítem Assessment of methods for predicting eukaryotic promoter sequences(IEEE, 2023) Jiménez Oviedo, Byron; Arroyo Hernández, Jorge; Solano-González, StefanyIdentifying promoters is challenging due to their short sequences, low conservation, and complex regulation. Historically, this was done through slow and expensive experimental methods. Efficient pattern recognition and statistical approaches have revolutionized this process, offering a faster and more cost-effective solution. Accurate promoter identification is vital for experimental biologists and biotech applications, enabling precise gene expression regulation. This document evaluates traditional machine learning methods (SVM, MLP, LDA, PSFN and denseNet) for promoter recognition, confirming their suitability. Our methodology consisted of using a partition of 80 to 20 percent for data training and analysis, respectively. The former was used to optimize the parameters at a k-fold with k = 10 by cross-validation; after optimization, the parameters were used to analyze the 20 percent of data. The F1 metric score is a positive predictive value that calculates the precision and sensitivity. Therefore, our findings align with [2] as the F1 metric score was above 85% in SVM and both PSFN methods, affirming them as the most reliable options for promoter prediction. The objective was to find a method that accurately validates the prediction of promoters and non-promoters by a comparison of methods. To achieve this, we incorporated sequences from humans, which are validated with these characteristics, to apply this workflow to sequences from other organisms in the future.Ítem Beta diversity and oligarchic dominance in the tropical forests of Southern Costa Rica(Blackwell Publishing Ltd, 2019-03) Morera-Beita, Albert; Sánchez, Damián; Wanek, Wolfgang; Hofhansl, Florian; Werner, Huber; Chacón-Madrigal, Eduardo; Montero Muñoz, Jorge L.; Silla, FernandoRecent studies have reported a consistent pattern of strong dominance of a small subset of tree species in neotropical forests. These species have been called “hyperdominant” at large geographical scales and “oligarchs” at regional-landscape scales when being abundant and frequent. Forest community assembly is shaped by environmental factors and stochastic processes, but so far the contribution of oligarchic species to the variation of community composition (i.e., beta diversity) remains poorly known. To that end, we established 20.1-ha plots, that is, five sites with four forest types (ridge, slope and ravine primary forest, and secondary forest) per site, in humid lowland tropical forests of southwestern Costa Rica to (a) investigate how community composition responds to differences in topography, successional stage, and distance among plots for different groups of species (all, oligarch, common and rare/ very rare species) and (b) identify oligarch species characterizing changes in community composition among forest types. From a total of 485 species of trees, lianas and palms recorded in this study only 27 species (i.e., 6%) were nominated as oligarch species. Oligarch species accounted for 37% of all recorded individuals and were present in at least half of the plots. Plant community composition significantly differed among forest types, thus contributing to beta diversity at the landscape scale. Oligarch species was the component best explained by geographical and topographic variables, allowing a confident characterization of the beta diversity among tropical lowland forest standsÍtem Biological treatments affect the chemical composition of coffee pulp(Elsevier, 2003-02-16) Ulloa Rojas, Juan B.; Verreth, J.A.; Amato, S.; Huisman, E.A.Biological treatments were applied to fresh coffee pulp (CoP) to improve its nutritive value for monogastric animals by reducing its content of cellulose and antinutritional factors (ANFs) such as total phenols, tannins and caffeine. Treatments were: (1) ensiling with 0, 50 and 100 g kg 1 molasses for 2 and 3 months, (2) aerobic decomposition for 0, 7, 14, 21, 28, 35 and 42 days, (3) aerobic bacterial inoculation (Bacillus sp.) for 0, 7, 14, 21 and 28 days. Ensiled CoP (E-CoP) showed higher fat and ash contents than oven dried-CoP (OD-CoP; P < 0:05). Similarly, true protein values tended to increase. The cellulose and total phenols levels of E-CoP were lower than OD-CoP (P < 0:05). The E-CoP tannins levels tended to be lower than OD-CoP whereas caffeine levels remained unaffected. Improvement in the nutritional quality of E-CoP was associated with higher fat and protein contents and reduction of cellulose, total phenols and tannins. The aerobic decomposition treatment improved the nutritional quality of CoP by increasing true protein and fat contents. In addition, total phenols, tannins, caffeine and cellulose contents were reduced by an increase in treatment time (P < 0:05). Bacterial treatment increased the protein content of CoP after 21 days (from 137 to 392 g kg 1) and decreased it after 28 days. Cellulose, total phenols, tannins and caffeine contents reduced with an increase in time of bacterial degradation. Bacterial treatment improved the CoP quality by increasing protein content and reducing cellulose and ANFs, es pecially after 21 days of treatment. Both the aerobic decomposition (after 21–28 days) and the aerobic bacterial degradation of CoP (after 21 days) appeared more suitable to improve the nutritional quality of CoP than the ensiling. 2003 Elsevier Science Ltd. All rights reservedÍtem Biotransformation and oxidative stress responses in fish (Astyanax aeneus) inhabiting a Caribbean estuary contaminated with pesticide residues from agricultural runoff(Springer (Alemania), 2023) Mena, Freylan; Vargas, Seiling; Guevara-Mora, Meyer; Vargas-Hernández , José Mauro ; Ruepert, ClemensThe estuarine ecosystem of Madre de Dios Lagoon (MDL), in the Caribbean Coast of Costa Rica, is exposed to contamination with pesticide residues coming from the upstream agricultural areas. Biomarkers can provide a better indication of the fitness of biota in real mixture exposure scenarios than traditional lethal dose toxicity measurements. Here, we measured biomarkers of biotransformation, oxidative stress, and neurotoxicity on Astyanax aeneus, an abundant fish species in MDL. Glutathione S-transferase activity (GST), catalase activity (CAT), lipid peroxidation (LPO), and cholinesterase activity (ChE) were measured in fish collected during seven sampling campaigns, carried out between 2016 and 2018. Pesticide residues were analyzed in surface water samples collected every time fish were sampled. Residues of 25 pesticides, including fungicides, insecticides, and herbicides, were detected. The biomarkers measured in A. aeneus varied along the sampling moments, with biotransformation and oxidative stress signals showing a coupled response throughout the assessment. Furthermore, significant correlations were established between three biomarkers (GST, LPO, and CAT) and individual pesticides, as well as between GST and LPO with groups of pesticides with shared biocide action. Among pesticides, insecticide residues had a major influence on the responses observed in fish. This work demonstrates the chronic exposure to pesticide residues in MDL and how such exposure is related to physiological responses in fish that can affect their health and potentially, the trophic networks. This early warning information should be considered to improve the protection of estuarine ecosystems in the tropics.Ítem Body mass explains digestive traits in small vespertilionid bats(Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, 2021-02-11) Cabrera Campos, Iván; Carballo Morales, Jorge; Saldaña-Vázquez, Romeo A.; Villalobos Brenes, Federico; Araya Berdon, JorgeBats are unique among mammals in that they have evolved the capacity to fly. This has generated strong selective pressure on the morphology and function of their digestive system. Given that in bats intestinal length and nominal surface-area are proportional to body mass, this trait importantly relates to explaining some of their digestive characteristics. We described the relationship between digestive traits and body mass of four species of bats of the family Vespertilionidae living in a montane ecosystem in central Mexico. We calculated food transit time, apparent dry matter digestibility, and defecation rate in feeding trials under captive conditions. We also: (1) built a model of the relationship between digestive traits and body mass to determine if this association was consistent within the members of the family Vespertilionidae, and (2) mapped these traits along the phylogeny to explore how digestive characteristics may have evolved. In our feeding trials, body mass was positively related to transit time and negatively related to apparent dry matter digestibility. The model predicted accurately the transit time in bats with body mass < 20 g. The phylogenetic approach suggested that over the evolutionary history of the family, transit time decreased as digestibility increased. Because of the results obtained here, it is likely that for most bats of the family Vespertilionidae, adaptations in digestive traits to process food have followed evolutionary changes in their body mass. We discuss these findings in a physiological and ecological context.Ítem Bovine spongiform encephalopathy risk management in Latin America: Costa Rica as a representative country for risk management and policy(Inderscience Enterprises Ltd., 2010) Wilson, Margaret A.; Herrera-Ulloa, Angel; Krewski, Daniel; Tyshenko, MichaelCosta Rica is a representative Latin American country with significant regional cattle production for its size. The country experienced an exceedingly low challenge for bovine spongiform encephalopathy (BSE) as evidenced by no direct meat and bone meal imports from the UK, few imported cattle, no specified risk materials imports from high risk countries, and cattle that are entirely grass-fed. In addition, there is little domestic feed recycling or potential for amplification and the country has further improved its tracing of imported cattle. Risk management to control both internal and external BSE risk factors has been implemented in Costa Rica, and it has negligible risk for domestic BSE. Costa Rica has complied with World Organisation for Animal Health (OIE) surveillance standards. To date Costa Rica has not reported any cases of either BSE or variant Creutzfeldt-Jakob disease (vCJD).Ítem Capacidad de carga turística como herramienta de manejo sostenible de los arrecifes coralinos en la Reserva Biológica Isla del Caño (RBIC), Costa Rica(Universidad Nacional (Costa Rica), 2018) Naranjo Arriola, Adriana; Alvarado Barrientos, Juan JoséLos arrecifes de la Reserva Biológica Isla del Caño (RBIC) son unos de los mejor conservados, más diversos y extensos de toda la costa Pacífica de Costa Rica. Debido a la riqueza marina de la RBIC, comunidades como las de Drake, Sierpe y Uvita, se han enfocado en el turismo de buceo autónomo y a pulmón, como una de sus fuentes principales de ingreso económicos. No obstante, el turismo en la RBIC es manejado con base a un plan de manejo el cual no ha logrado ser implementado y carece de un reglamento y plan de uso público para el desarrollo del turismo que incluya la capacidad de carga de cada sitio. Con el fin de evitar la degradación de los arrecifes coralinos de la RBIC y mejorar el manejo de las actividades turísticas, el presente estudio evaluó la capacidad de carga turística (CCT) para las actividades de turismo marino en la RBIC. La toma de datos se realizó durante los periodos de abril a mayo 2016 (época de transición), y febrero a marzo 2017 (época seca). Durante las giras se realizó una caracterización de los sitios en donde se evaluó la fragilidad del fondo marino para cada punto de buceo y se registró la presencia de especies amenazadas y procesos ecológicos claves (reproducción, limpieza, alimentación). A su vez, se llevaron a cabo un total de 87 seguimientos de buceo, con el fin de poder evaluar el nivel de daño causado por los buzos recreativos. Posteriormente, se calculó la CCT para cada uno de los sitios de buceo autónomo y a pulmón, y para toda la RBIC. Además, se entrevistaron a los guardaparques de la RBIC y a los tour operadores locales, para conocer mejor el nivel de uso de los sitios y la capacidad de manejo que existe en la isla. Del mismo modo, se realizaron encuestas a los turistas para valorar su percepción de los arrecifes coralinos y el servicio brindado por los tour operadores. Los resultados mostraron que el sector noreste de la RBIC, específicamente la Esquina de Jardín, fue donde se registró la mayor cobertura por especies bentónicas de estructura frágil (78%). En el Bajo del Diablo se reportó la mayor presencia de especies amenazadas (50%) y procesos ecológicos (67%). De acuerdo a los análisis, la mayoría de contactos con el fondo fueron por medio de aletas (51%) y manos (31 0/0). De las especies bentónicas de estructura frágil, los octocorales fueron los que sufrieron la mayor cantidad de daños por los buzos (21 0/0), seguido por corales escleractinios (16%). No obstante, los fondos rocosos fueron con los que los buzos tuvieron la mayor cantidad de interacciones (32%). La CCT para las actividades de buceo autónomo y a pulmón en la RBIC resultó ser de 117 buzos por día (45 autónomos y 72 a pulmón) y 42 705 personas por año. Aunque la visitación anual esté por debajo del umbral de la CCT esto no implica que la CCT por sitio esté siendo respetada. De igual manera, se recomienda como medida de precaución no sobrepasar las 117 personas al día para evitar la degradación de los puntos abiertos al turismo marino. Por último, es crucial que el Sistema Nacional de Áreas de Conservación (SINAC) mejore la capacidad de manejo en la RBIC ya que la CCT por sí sola, no garantiza poder mantener la adaptabilidad, productividad y capacidad de regeneración de los ecosistemas marinos de la Isla del Caño.Ítem Caracterización del paisaje y análisis del límite oeste del Parque Nacional Carara, Costa Rica: implicaciones para la conservación de la biodiversidad(Museo Nacional de Costa Rica, 2012) Quesada-Acuña, Sergio Gabriel; Valdelomar, Valerie; Arrieta Ch, Cristina; Ruíz Morales, Gustavo; Matarrita Herrera, Miguel Angel; Araya G., José Fabio; Sandoval Hernández, IvánIt is unknown if the current size and shape of protected areas (PA) in Costa Rica favors retention of viable populations of wildlife. The western border of Carara National Park (CNP) and its surroundings were characterized at a landscape level in order to consider their implications for biodiversity conservation. 54 400 hectares of Costa Rican Central Paciic tree cover were analyzed (1997, 2000, 2005) to calculate the size of the PAs, mean shape index, mean patch fractal dimension and edge density. Aside from that, we performed eight habitat evaluations on the western border of the CNP (“costanera-sur” highway) to assess tree composition, regeneration, litter, horizontal obstruction, and canopy cover. It was determined that the PAs were between 36 and 5 242 hectares long. We observed that the tree cover increased from 21 231,8 hectares in 1997 to 29 006,9 hectares in 2000, and decreased to 26 933,4 hectares in 2005. We found out that most of the tree cover (2005) belongs to CNP and ZP Cerros de Turrubares, but both of them present high values of edge density and mean shape index, suggesting that they are susceptible to alteration and fragmentation. The four evaluated points have a similar successional stage. In order to maintain the potential of CNP as an area for biodiversity conservation, we recommend reducing the maximum speed limit in the region adjacent to the park. It is also important to establish frequent monitoring of the tree cover and promote reforestation programs to create corridors that stop the area’s fragmentation and facilitate biodiversity conservation.Ítem Caracterización hidrogeoquímica de los acuíferos volcánicos Bar va y Colima en el Valle Central de Costa Rica(Instituto Mexicano de Tecnología del Agua, Tecnología y ciencias del agua, 2016) Madrigal-Solís, Helga; Fonseca-Sánchez, Alicia; Reynolds-Vargas, JennyLa composición química del agua subterránea está determinada por procesos antropogénicos y por interacciones con el material geológico que conforma el acuífero. El presente estudio describe la caracterización hidrogeoquímica de los acuíferos volcánicos Barva y Colima, en el Valle Central de Costa Rica, con el fin de ampliar el conocimiento acerca de las interacciones entre ambos acuíferos y determinar si hay alguna evolución desde las zonas altas hasta las más bajas del acuífero Barva. Se realizaron de 1 a 9 campañas de muestreo en 51 sitios entre los años 2002 y 2004, y se analizaron los nitratos e iones mayoritarios. Las aguas del Barva y Colima se clasificaron como del tipo bicarbonatada mixta, con excepción de un sitio. Se encontró un aumento de bicarbonatos, cloruros, calcio, magnesio, sodio y potasio desde las partes altas hasta las partes bajas del acuífero Barva, probablemente por procesos de disolución natural de las rocas y lixiviación de iones provenientes de actividades antropogénicas. En el caso de los nitratos, se encontró una mediana de 0.2 mg/l de NO3 -N en el sector de mayor altitud, mientras que en las partes de altitud mediana y baja, las medianas aumentaron a 3.6 y 5.3 mg/l, respectivamente. Sin embargo, el sector al suroeste de la zona de estudio presentó un aumento únicamente en bicarbonatos y sodio con respecto a la zona de menor altitud del acuífero Barva y, por el contrario, se encontraron concentraciones relativamente bajas de nitratos, con una mediana de 1.1 mg/l de NO3 -N. En comparación con el acuífero Barva, el Colima presentó concentraciones más bajas de nitratos en sitios sobreyacidos por el acuífero Barva, por lo que se concluye que los nitratos provenientes de fuentes antrópicas son diluidos en este acuífero antes de su posible percolación hacia el Colima. Se recomienda mantener programas de monitoreo permanentes para evaluar posibles aumentos en las concentraciones de nitratos en ambos acuíferoÍtem Caracterización molecular y conservación in vitro a mediano plazo de genotipos de vainilla (Vanilla spp.) de la región Atlántica(Universidad Nacional (Costa Rica), 2018) Rodríguez Hernández, María Gabriela; García, José AntonioAl ser una de las especies de más importancia económica en el mundo y gracias al desarrollo del banco de germoplasma en nuestro país, se caracterizó molecularmente la vainilla proveniente de la región Huetar Atlántica para llevar a cabo su conservación in vitro a mediano plazo. Las accesiones se caracterizaron mediante la secuenciación de regiones de los genes cloroplásticos maturasa K (matK), subunidad grande de la ribulosa-1,5-bifosfato carboxilasa oxigenasa (rbcL) y el espaciador transcrito ITS del ARN ribosomal nuclear. Luego de un control de calidad y una edición manual las secuencias obtenidas se sometieron al GeneBank y mediante un BLAST se identificaron las secuencias más similares en la base de datos de ácidos nucleicos nr/nt del NCBI. Una vez obtenida esta información, se procedió a realizar alineamientos con MUSCLE y análisis filogenéticos bajo máxima versosimilitud con RAxML y mediante inferencia bayesiana con MrBayes. Se determinó que la región ITS generó más información, con un total de 55 alineamientos y se destacó que las accesiones 23,45,49,59 y 159 son muy cercanas a V. planifolia, V. pompona y V. hibrido. Solamente la accesión 122 destacó por estar ligeramente alejada de las demás accesiones en estudio y debido al porcentaje de similitud con las otras, se puede inferir que corresponde a otra especie distinta, de V. planifolia. En cuanto a la etapa de conservación, se optimizó el protocolo para la introducción in vitro y con respecto al regulador bencil amino purina (BAP), la mejor aplicación para obtener mayor número de brotes fue de 1.5 mg/L; sin embargo, para la longitud de raíz, en donde se obtuvieron valores estadísticamente significativos, fue sin la aplicación de este regulador de crecimiento. Una vez que se obtuvieron estos datos, se logró llevar a cabo la conservación a mediano plazo, en donde se determinó que el manitol promueve más este objetivo y la sacarosa destacó, por generar un desarrollo más rápido, lo cual no favoreció con lo propuesto. Por lo tanto, se recomienda emplear el manitol con otros osmoreguladores e inhibidores de crecimiento, para que se logre disminuir el desarrollo del explante en el tiempo propuesto.Ítem Caracterización y recomendaciones de manejo de una pradera de pastos marinos en Playa Colibrí, Golfo Dulce, Costa Rica(Universidad Nacional (Costa Rica), 2018-11) Barquero Chanto, Juan Esteban; Samper Villarreal, JimenaExisten siete especies de pastos marinos reportadas para el territorio costarricense. No obstante, la mayoría de investigaciones realizadas se han enfocado en las praderas de pastos marinos ubicadas en el Caribe, con pocos estudios realizados para la costa Pacífica. El primer avistamiento registrado de pastos marinos en la costa Pacífica de nuestro país se dio en 1984; sin embargo, a la fecha, son muy pocas las investigaciones sobre pastos marinos que se han realizado en el Pacífico o dentro del Golfo Dulce, por lo que existen importantes vacíos de información. Aspectos como los cambios en la dinámica de las praderas de pasto marino a través del tiempo y el espacio y el efecto de las condiciones ambientales y las variables físico-químicas sobre su dinámica aún no han sido estudiados. Además y pese a que Golfo Dulce es un Área Marina de Uso Múltiple (AMUM), no existen planes de manejo para las praderas de pastos marinos ubicadas en esta zona, ni la información necesaria en cuanto a pastos marinos para poder desarrollarlos. Con el presente estudio, se pretendió caracterizar temporal y espacialmente, la pradera de pastos marinos más extensa del Pacífico de Costa Rica, ubicada en Playa Colibrí, Golfo Dulce, Pacífico Sur. La pradera se muestreó entre marzo del 2016 y marzo del 2017. Se realizaron dos tipos de muestreo, uno con tres transectos lineales de 50 m cada uno, denominado Muestreo Temporal, donde se establecieron diez puntos de colecta separados por una distancia de cinco metros cada uno en cada transectos, los cuales se muestrearon cada mes. El otro tipo de muestreo, denominado Muestreo Espacial, constó de diez transectos lineales de 500 m donde se establecieron diez puntos de colecta a Io largo del transecto separados por una distancia de 50 m cada uno. En cada punto se determinó el porcentaje de Cobertura de pastos marinos y se colectó un núcleo de biomasa, el cual se separó en sus componentes en el laboratorio. A partir de esta muestra se determinó la biomasa, densidad de haces, índice de área foliar (IAF), largo y ancho de las hojas. A partir de los Muestreos Espaciales, se identificó el borde de toda la pradera y se determinó que para marzo del 2016 la pradera tuvo una extensión total de 1.95 km de largo paralelo y 580 m perpendicular a la línea de la costa, para un área total estimada de 812 000 m-2 Por su parte, para marzo del 2017, se determinó que la pradera había disminuido considerablemente con 0.87 km de largo y 250 m de ancho y una extensión estimada de 27 000 rn 2 Dentro de las posibles razones para la disminución, se encontraron el impacto del Huracán Otto, el tránsito de botes en el sitio, el arrastre de posibles fertilizantes y pesticidas a través de la quebrada Caballero y el calentamiento global. En la pradera se encontraron dos especies de pastos marinos: Halophila baillonis Asch. y Halodule beaudettei (Hartog) Hartog, ambas reportadas anteriormente para Golfo Dulce. La comparación entre especies determinó diferencias significativas para las diferentes variables biológicas analizadas en la pradera. Se encontraron diferencias a través de los meses muestreados para la biomasa, la densidad y la cobertura. Además, se determinó un patrón estacional donde la biomasa y la densidad tuvieron sus valores más altos en los meses de julio del 2016 y sus valores más bajos en agosto, setiembre y octubre del 2016. También, se encontraron diferencias significativas para la biomasa, densidad y cobertura entre transectos. Para los Muestreos Temporales, el transecto 1 (Tl), siempre tuvo los valores bajos, en contraste con el transecto 2 (T2) que tuvo los valores más altos. Por su parte, para los Muestreos Espaciales no se encontraron especies de pastos marinos para los transectos I (TI) y el transecto 10 (Tl O). Mientras que los transectos 3, 4, 5 Y 6 tuvieron los valores más altos. Estas diferencias se atribuyeron a la posible influencia de la Quebrada Caballero. En relación con los parámetros físico-qu ím icos del agua. Se encontró una correlación positiva, no significativa entre la salinidad, la biomasa y la densidad, donde los valores más bajos de ambos coincidieron en los mismos meses. Esta misma relación se encontró para el pH. Con respecto a los nutrientes, los valores más altos de amonio y silicato coincidieron con los meses donde la biomasa, la densidad y la cobertura fueron más bajas. Por su parte, se encontraron diferencias significativas entre los diferentes meses para las variables ambientales. Además, se determinó que los parámetros ambientales se encontraban estrechamente relacionados con los parámetros físico-químicos y se identificó que ambos se vieron afectados por el Huracán Otto. La comparación entre los valores biológicos encontrados en el presente estudio y el último estudio realizado en el sitio de estudio en el 2011, demuestran que la pradera ha disminuido en extensión, biomasa y densidad. Por esta razón, las acciones de manejo recomendadas para esta pradera, incluyen un monitoreo continuo de la pradera y sus variables ambientales que sea llevado a cabo en un esfuerzo conjunto con la comunidad. Además, se planteó la búsqueda de espacios de interacción por medio de talleres que garanticen la participación de los diferentes actores involucrados a fin de generar línea de acción consensuadas que permitan el posterior establecimiento de estrategias de manejo que permitan la protección de la pradera de pastos marinos de playa Colibrí y que sirvan como ejemplo para el desarrollo de futuras estrategias de manejo en otras praderas de pastos marinos de la región pacífica costarricense.Ítem Carne de animales silvestres como fuente de alimento en la población rural de la región Caribe de Costa Rica(Universidad Nacional, 1987) Reid Satchwell, Vany LloydDebido a que muchos campesinos consumen carne de animales silvestres en la región Caribe y Costa Rica en general, se realizó una encuesta en las zonas rurales de dicha región para determinar la importancia y la forma en que la fauna silvestre contribuye en suplir las necesidades proteicas a la población rural. Los resultados indican de que la mayor parte de la población rural del Caribe consume carne de animales silvestres y que prefieren comer las carnes del Venado (Odocoileus virginianus), Tepezcuintle (Agouti paca) y el Sahino (Tayassu tajacu) respectivamente. El consumo medio diario de carne silvestre es de 24 g por individuo. Y la mayor parte de la población consumen dicha carne entre 1 - 4 veces por semana.Ítem Cloning, purification and characterization of nigrelysin, a novel actinoporin from the sea anemone Anthopleura nigrescens(Elsevier B.V., 2019) Alvarado Mesén, Javier; Solano-Campos, Frank; Canet, Liem; Pedrera, Lohans; Hervis, Yadira P.; Soto, Carmen; Borbon Alpizar, Henry; Lanio, María Eliana; Lomonte, Bruno; Valle, Aisel; Alvarez, CarlosActinoporins constitute a unique class of pore-forming toxins found in sea anemones that being secreted as soluble monomers are able to bind and permeabilize membranes leading to cell death. The interest in these proteins has risen due to their high cytotoxicity that can be properly used to design immunotoxins against tumor cells and antigen-releasing systems to cell cytosol. In this work we describe a novel actinoporin produced by Anthopleura nigrescens, an anemone found in the Central American Pacific Ocean. Here we report the amino acid sequence of an actinoporin as deduced from cDNA obtained from total body RNA. The synthetic DNA sequence encoding for one cytolysin variant was expressed in BL21 Star (DE3) Escherichia coli and the protein purified by chromatography on CM Sephadex C-25 with more than 97% homogeneity as verified by MS-MS and HPLC analyses. This actinoporin comprises 179 amino acid residues, consistent with its observed isotope-averaged molecular mass of 19 661 Da. The toxin lacks Cys and readily permeabilizes erythrocytes, as well as L1210 cells. CD spectroscopy revealed that its secondary structure is dominated by beta structure (58.5%) with 5.5% of a-helix, and 35% of random structure. Moreover, binding experiments to lipidic monolayers and to liposomes, as well as per meabilization studies in vesicles, revealed that the affinity of this toxin for sphingomyelin-containing membranes is quite similar to sticholysin II (StII). Comparison by spectroscopic techniques and modeling the three-dimensional structure of nigrelysin (Ng) showed a high homology with StII but several differences were also detectable. Taken together, these results reinforce the notion that Ng is a novel member of the actinoporin pore-forming toxin (PFT) family with a HA as high as that of StII, the most potent actinoporin so far described, but with peculiar structural characteristics contributing to expand the understanding of the structure-function relationship in this protein family.Ítem Comparative Analysis of Fungal Proteomes for Identifying Resistance Genes: A Preliminary Step Towards Experimental Validation(Universidad Técnica Nacional (UTN) (Costa Rica), 2023) Segura-Valverde, Alonso; Solano-González, Stefany; Sancho Blanco, CarolinaAntimicrobial resistance (AMR) has been declared a global threat to public and environmental health by the World Health Organization (WHO). AMR investigation in fungal organisms has been limited to mainly clinically relevant species, leaving atypical and environmental isolates neglected. Due to this, this study aimed to employ computational methods for the identification of potential proteins associated with antifungal resistance genes. This served as the initial phase to determine a specific list of genes to look for functioning as a molecular catalog of specific sequences to experimentally validate in environmental fungal isolates currently available at the Laboratorio de Bioinformática Aplicada at the UNA. Our approach involved the analysis of ten proteomes, where we aimed to establish orthologous relationships with a well-validated database of antifungal genes; additionally, we characterized this orthologous by identifying the most frequent functional features. To achieve this, we used Orthofinder version 2.5.2 and observed that 96 284 genes (87.6% of the total) were assigned to 12 005 orthogroups. Four orthogroups (OG0000000, OG0000004, OG0000378 and OG0000630) were the only ones that contained sequences from all the analyzed species. Uncharacterized and hypothetical proteins (UP and HP respectively) were the most prevailing attributes, followed by ergosterol fungal cell wall and MFS and ABC transporters, showing sequences related to different mechanisms of antifungal resistance in the analyzed species. Nonetheless, we determined that many AMR proteins are present in non-pathogenic fungal genome sequences, which is of particular interest as these are usually not studied. AMR in fungi is complex as it is related to molecular and metabolic mechanisms rather than only specific molecules, this is integrated into eukaryotic intrinsic genomic complexity and fungal lack of knowledge This study represents the initial phase in a series of ongoing investigations at the LABAP aimed at advancing our understanding of AMR in environmental fungi. Furthermore, our findings lay the groundwork for the development of a future surveillance pipeline for environmental fungi resistance genes to validate in Costa Rica.Ítem Comparative study of the karyotypes of South American species of Araucaria(American Genetic Association, 1984) Cardemil, Liliana; Salas, Elizabeth; Godoy, MireyaRoot tips of both Araucaria araucana (Mol.) Koch and Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze. were used as sources of mitotic chromosomes. Both species have 26 chromosomes as the diploid number, consisting of 13 pairs of homologues. In both species 10 pairs of chromosomes are metacentric, and 3 pairs are submetacentric with slight differences in the centromere position between the two Araucarla species. Both karyotypes also are characterized by a metacentric pair of chromosomes having a long inter calar constriction close to the centromeric region. Amrnoniacal silver staining identifies this long constriction as the nucleolus organizer region or NOR. In addition, one of the metacentric pairs of A. angustifolia chromosomes has a small terminal satellite. © 1984, American Genetic Association.