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Comparative Analysis of Fungal Proteomes for Identifying Resistance Genes: A Preliminary Step Towards Experimental Validation
(Universidad Técnica Nacional (UTN) (Costa Rica), 2023) Segura-Valverde, Alonso; Solano-González, Stefany; Sancho Blanco, Carolina
Antimicrobial resistance (AMR) has been declared a global threat to public and environmental health by the World Health Organization (WHO). AMR investigation in fungal organisms has been limited to mainly clinically relevant species, leaving atypical and environmental isolates neglected. Due to this, this study aimed to employ computational methods for the identification of potential proteins associated with antifungal resistance genes. This served as the initial phase to determine a specific list of genes to look for functioning as a molecular catalog of specific sequences to experimentally validate in environmental fungal isolates currently available at the Laboratorio de Bioinformática Aplicada at the UNA. Our approach involved the analysis of ten proteomes, where we aimed to establish orthologous relationships with a well-validated database of antifungal genes; additionally, we characterized this orthologous by identifying the most frequent functional features. To achieve this, we used Orthofinder version 2.5.2 and observed that 96 284 genes (87.6% of the total) were assigned to 12 005 orthogroups. Four orthogroups (OG0000000, OG0000004, OG0000378 and OG0000630) were the only ones that contained sequences from all the analyzed species. Uncharacterized and hypothetical proteins (UP and HP respectively) were the most prevailing attributes, followed by ergosterol fungal cell wall and MFS and ABC transporters, showing sequences related to different mechanisms of antifungal resistance in the analyzed species. Nonetheless, we determined that many AMR proteins are present in non-pathogenic fungal genome sequences, which is of particular interest as these are usually not studied. AMR in fungi is complex as it is related to molecular and metabolic mechanisms rather than only specific molecules, this is integrated into eukaryotic intrinsic genomic complexity and fungal lack of knowledge This study represents the initial phase in a series of ongoing investigations at the LABAP aimed at advancing our understanding of AMR in environmental fungi. Furthermore, our findings lay the groundwork for the development of a future surveillance pipeline for environmental fungi resistance genes to validate in Costa Rica.
Crecimiento y formación de quistes dedinoflagelados, bajo condiciones controladas (Golfo de Nicoya, Costa Rica)
(Sociedad Ficológica de América Latina y el Caribe (México), 2017-11) Boza Abarca, Jorge; Berrocal Artavia, Karen; Calvo Vargas, Emilia
El Golfo de Nicoya es un estuario altamente productivo, representa una de las áreas más importantes de pesca en Costa Rica y el medio de subsistencia de muchas comunidades costeras. El objetivo de este estudio es determinar la tasa de crecimiento y la formación de quistes de dinoflagelados productores de floraciones algales nocivas, bajo condiciones controladas de laboratorio, para comprender mejor su dinámica.
Diversidad y distribución de los chinches naucóridos (Hemiptera: Heteroptera: Naucoridae) en Costa Rica
(Universidad de Costa Rica (Costa Rica), 2014) Herrera, Federico; Springer, Monika
La familia Naucoridae posee a nivel mundial cerca de 392 especies distribuidas en 37 géneros y es una de las 15 familias de chinches acuáticas y semiacuáticas que ocurren en Costa Rica. En el continente americano se registran cuatro subfamilias: Limnocorinae, Laccocorinae, Cryphocricinae y Naucorinae. En Costa Rica así como en los demás países centroamericanos casi no se han hecho estudios taxonómicos ni biológicos de esta familia. Lo que este estudio pretende es determinar la diversidad y distribución de los chinches naucóridos en Costa Rica.
First spontaneous spawning of F1 generation queen drum (whitefin weakfish) Cynoscion albus in captivity
(World Aquaculture Society (USA), 2019-11) Boza Abarca, Jorge; Ramírez-Alvarado, Marvin
The queen drum (Whitefin weakfish), Cynoscion albus corvina reina is distribute along the pacific coast of the Americas and overexploited in the Gulf of Nicoya, Costa Rica. Wild males ad females were captured and transported to the Laboratory of Culture and Reproduction of Marine Fish, in the Marine Biology Station Juan Bertoglia Richards, Puntarenas to start a Reproduction Program Like years before, fish were exposes to captivity reproduction strategies which were successful with another scianid species, Cynoscion squamipinnis (Boza Abarca et al 2016 However, wild queen drum not spawned spontaneously, even though ovaries biopsy indicated a complete maturity stage or the gonads After hCG hormonal induction of wild females, their spawn a high quality eggs which it were fertilized by males naturally, without manipulation (Boza Abarca et al 2018 F1 Generation of queen drum C albus grown up and reached gonadal development after two years.
Inducción del chame, Dormitator latifrons,( Eliotridae), con GnRH, hormona liberadora de hormona luteinizante
(World Aquaculture Society (USA), 2019-11) Ramírez-Alvarado, Marvin; Boza Abarca, Jorge
El chame, Dormitator latifrons, es un pez que habita en lagunas naturales, esteros y ríos, es una especie con muy altas condiciones para su reproducción en cautiverio. En algunas regiones de latinoamerica se cultiva en encierros colectando juveniles de ambientes naturales donde crece, principalmente cuando los ríos y lagunas se desbordan. El objetivo de nuestra investigación fue inducir al desove de esta especie con la hormona GnRH, hormona liberadora de hormona luteinizante para la obtención de huevos viables y continuar con la etapa de larvicultura y desarrollo.
Pez León: investigación y gestión ambiental desde la Universidad Nacional en el Caribe de Costa Rica
(Universidad Autónoma de Chiriquí (Panamá), 2017-08) Piedra Castro, Lilliana María; Castillo Chinchilla, Maikol; Sierra Sierra, Luis Manuel; Morales Cerdas, Vanessa; Araya-Vargas, Alexander; Pereira Chávez, José Miguel; Méndez Solano, Rodrigo; Ríos Duarte, Roger Humberto; Umaña Castro, Rodolfo; González Villalobos, Jorge Arturo; Sánchez -Paniagua, Katherine ; Cambronero Solano, Sergio
En el 2009, se reportó la invasión del pez león en los arrecifes del Caribe Sur de Costa Rica, que se supone inciden en la calidad de los ecosistemas. Se evaluó la población invasiva del pez león, la secuenciación genética y educación ambiental para proponer recomendaciones para su manejo. Las densidades fueron 62 y 65 ind/ ha en 2011 y 2013 en Perezoso (PNC), 81 y 90 ind/ ha en Puerto Viejo, de 161 y 166 ind/ha en Manzanillo y de 111 ind/ha en la Isla Uvita. La abundancia relativa fue 4,7 en Puerto Viejo; 2,4 en Coclés; 3,1 en Punta Uva; 2,1 en Manzanillo y 7, 2 en Punta Mona para el 2010. Para el 2011-2012, en Manzanillo fue 2,7; Cahuita de 2,9; Isla Uvita de 2,8 Puerto Viejo de 2,8 y 2,1 en Punta Mona.
Uso de los SIG como una herramienta para el levantamiento de información de las áreas verdes urbanas, en dos distritos de Costa Rica
(Centro Boliviano de Estudios Multidisciplinarios (Cebem), 2019) Morales Cerdas, Vanessa; Castillo Chinchilla, Maikol; Piedra Castro, Lilliana María; Foster Burr, Lloyd
Las ciudades costarricenses presentan rezago en planificación urbana y manejo de recursos naturales, por lo que el uso de Sistemas de Información Geográfica (SIG) son una alternativa para obtener insumos para su gestión. El objetivo de la investigación fue implementar el uso de herramientas SIG para el levantamiento de información de áreas verdes urbanas en dos distritos de Costa Rica. El estudio se realizó en los distritos de Heredia y Carmen, Costa Rica. Se aplicaron índices de vegetación, clasificación No Supervisada (NS) y Supervisada (CS), utilizando imágenes satelitales Rapid Eye, 2012. Para la identificación de las áreas verdes (AV), se realizó una fotointerpretación y validación de campo. Los índices de vegetación resaltaron la vegetación ribereña, no así la de parques o la que se encuentra dispersa en la ciudad. El índice de Vegetación por Diferencia Normalizada (NDVI) fue el que brindó los resultados certeros de las condiciones de vegetación urbana. Mediante la clasificación NS se identificó el comportamiento de las firmas espectrales de la vegetación, las carreteras y sombras y edificaciones. A partir de la CS, se identificaron tres clases de coberturas vegetales, zonas con vegetación, pastos y áreas urbanizadas, la precisión del índice de Kappa fue de 94,23% para el Carmen y 100% para Heredia. La fotointerpretación y los procesos automáticos para la detección de coberturas vegetales permitieron identificar parques, vegetación ribereña, arbolado y pastos, las que se redefinieron a siete clases tras la validación de campo. Las imágenes Rapid Eye y los procedimientos realizados permitieron el levantamiento y procesamiento de información espacial de las áreas verdes de las zonas urbanas, se concluye que son el uso de los SIG permite aplicar herramientas de procesamiento espacial para obtener insumos para la exploración y el levantamiento de información de interés en el de ámbito las áreas verdes.

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