Trabajos Finales de Graduación EMV - PCVET

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Caracterización de la región promotora del gen omp25 de Brucella abortus.
(Universidad Nacional, Costa Rica, 2010) Castillo Zeledón, Amanda; Guzmán Verri, Caterina
La brucelosis es una enfermedad zoonótica, producida por bacterias del género Brucella. Muchos de los mecanismos que utiliza esta bacteria para invadir y replicarse en las células no se comprenden. Sin embargo, las propiedades de la membrana externa y el sistema de regulación de expresión de genes BvrR/BvrS están ligados a su virulencia. La Omp25 es una de las proteínas de membrana externa más estudiadas. Aunque su función es desconocida, su expresión es regulada por el sistema de regulación BvrR/BvrS que es importante para la virulencia. El objetivo de este trabajo fue la caracterización de la región promotora del gen omp25, como prototipo de secuencias promotoras que constituirían un regulón de virulencia bajo el control de BvrR/BvrS. Para ello, se realizaron fusiones transcripcionales de la región corriente arriba del gen omp25 con el gen reportero lacZ carente de promotor. Una primera fusión contenía 392 pb (pares de bases) corriente arriba de omp25, asimismo, se clonaron dos fragmentos más cortos que contenían 262 pb y 151 pb de la misma región. La expresión de las fusiones transcripcionales en la cepa silvestre Brucella abortus 2308 fue evaluada durante las distintas fases del crecimiento bacteriano. Estos ensayos demostraron la presencia de actividad promotora en dos de los constructos y una notoria disminución de más del 90% en la expresión del gen con el constructo que contenía 151 pb, delimitando la región que posee las secuencias para la activación del promotor. Por lo tanto, existe una actividad promotora basal en las 151 bp corriente arriba de omp25, que es positivamente regulada por secuencias que se encuentran luego de las 152 bp corriente arriba de omp25. Esta caracterización sirve como modelo para realizar estudios comparativos con regiones reguladoras de otros genes importantes para Brucella, crear herramientas que permitan controlar la expresión de éstos y por lo tanto, combatir a este patógeno.
Diversidad genética en el ganado bovino en Costa Rica
(Universidad Nacional, Costa Rica, 2014-05) Martínez Pichardo, Marco Antonio; Vargas Leitón, Bernardo
El objetivo de esta tesis fue cuantificar el grado de diversidad genética en el ganado bovino de Costa Rica. Inicialmente se realizó un análisis de la diversidad genética en la población total. Se colectaron 1498 muestras de ADN bovino provenientes de las distintas regiones ganaderas del país, las cuales fueron evaluadas mediante 18 marcadores microsatélites. Para cada microsatélite se calcularon las frecuencias alélicas, número total y medio de alelos (Na), número efectivo (Ne) de alelos, la heterocigosis observada (Ho), la heterocigosis esperada (He), el contenido de información polimorfica (CIP), el coeficiente de endogamia (FIS), y el equilibrio Hardy-Weinberg (HW). Se identificaron un total de 263 alelos. Todos los microsatélites utilizados resultaron polimórficos con un Na promedio de 15, variando entre un mínimo de 9 (ETH10 y BM1824) y un máximo de 24 alelos (TGLA122). La frecuencia alélica más alta se observó en el locus RM067, donde el alelo 90 presentó una frecuencia de 52,3%. El Ne promedio fue de 5,6, variando desde 3,1 en el locus RM067, hasta 8,8 para el locus CSSM66. La Ho promedio fue de 0,76, variando entre 0,63 para el locus RM067 y 0,85 para el locus CSSM66. La He promedio fue de 0,81, oscilando entre 0,68 para el locus RM067 y 0,89 para el locus CSSM66. El CIP promedio fue de 0,79, con rangos entre 0,65 (RM067) y 0,88 (CSSM66). El FIS promedio fue de 0,06 y osciló entre 0,02 para el locus MGTG4B y 0,10 para el locus ETH225. La desviación del equilibrio HW no fue significativa para los loci INRA23 (P=0,16), BM1824 (P=0,31) y MGTG4B (P=0,09); fue significativa (p<0,05) para el locus CSRM60 y altamente significativa (p<0,001) para todos los demás loci. Los resultados del análisis indicaron que existe una variabilidad genética alta en la población bovina de Costa Rica y niveles moderados de endogamia. Posteriormente, se realizó un análisis de diversidad genética dentro de subpoblaciones raciales. El Na promedio por grupo racial fue de 10,3, oscilando entre 8 (Holstein×Jersey) y 13 (Criolla para doble propósito). El Ne promedio fue de 5,04, variando entre 4,18 (Jersey) y 5,64 (Bos taurus×Bos indicus). La Ho promedio fue de 0,77, variando entre 0,73 (Jersey) y 0,81 (Bos taurus×Bos indicus). La He promedio fue de 0,78, oscilando entre 0,74 (Jersey y Holstein×Jersey) y 0,81 (Bos taurus×Bos indicus, Criolla para doble propósito y Cruce para doble propósito). El CIP fue de 0,76, con rangos entre 0,71 (Jersey y Holstein×Jersey) a 0,79 (Criollas para doble propósito y Cruces para doble propósito). El FIS promedio fue de 0,02 y osciló entre -0,03 (Holstein×Jersey) y 0,04 (Brahman, Criolla para carne y Cruce para leche). La desviación del equilibrio HW no fue significativa (P>0,05) en la mayoría de los loci para las subpoblaciones raciales. El subgrupo con mayor número de loci en desequilibrio HW (p<0,05) fue la Jersey (8 loci), mientras que los subgrupos Bos taurus×Bos indicus, Criolla para leche y Holstein×Jersey presentaron solo 1 locus en desequilibrio HW. Los índices de fijación FIS (0,02), FIT (0,05) y FST (0,03) indican tendencia hacia la homocigosidad. Se observó correspondencia entre los valores de diferenciación genética (RST) por pares de razas y las respectivas distancias genéticas de Nei. Se observó una mayor diferenciación entre grupos raciales de diferente subespecie (Bos taurus vs. Bos indicus). En el Análisis de Coordenadas Principales, las 2 primeras coordenadas explicaron el 29,6% y 9,7% de la varianza, respectivamente. Los dendrogramas confirman la formación de dos grupos principales, con las razas cebuinas y las taurinas, y grupos intermedios producto de cruces entre ambas. Los resultados del análisis indicaron que los microsatélites empleados permiten visualizar de manera eficiente la estructura genética de la población bovina de Costa Rica.
Uso de marcadores genéticos para análisis de diversidad genética y pruebas de verificación de identidad y paternidad en bovinos Brahman registrados en Costa Rica
(Universidad Nacional, Costa Rica, 2017-08) Campos Alfaro, Jorge Andrés; Vargas Leitón, Bernardo
El presente estudio tuvo como objetivos estimar parámetros genéticos para el análisis de diversidad e implementar el uso de pruebas de ADN por microsatélites con fines de identificación y verificación de paternidad en ganado bovino registrado de raza Brahman en Costa Rica. Se realizó un primer estudio de diversidad genética con base en 797 muestras de ADN bovino de cuatro regiones del país, evaluadas mediante 18 marcadores microsatélites. El número promedio de alelos (Na) por locus fue de 10,72, variando desde un mínimo de 6 alelos hasta un máximo de 16 alelos. El número promedio de alelos efectivos (Ne) fue de 3,75, con valor mínimo de 1,93 y valor máximo de 8,9 alelos por locus. La heterocigosidad observada (Ho) promedio fue de 0,67, variando entre 0,46 y 0,88. La heterocigosidad esperada (He) promedio fue de 0,69, que osciló entre 0,48 y 0,88. El contenido de información polimórfica (CIP) fue de 0,65, con variaciones entre 0,45 y 0,88. El FIS promedio fue de 0,04, con oscilaciones entre -0,03 a 0,17. La desviación del equilibrio Hardy Weinberg no fue significativa (p>0,05) en el 55% de los loci de la población. El dendrograma mostró una clara relación genética entre el Brahman registrado y el Brahman comercial. Los resultados del análisis indicaron déficit de heterocigotos (Ho 0,50), con excepción de ETH225 (CIP= 0,44). Los marcadores BM1818 y ILSTS006 presentaron frecuencia de alelos nulos >5%. La probabilidad de identidad combinada obtenida con el uso de los 18 loci fue de 2,4×10-17, para individuos seleccionados aleatoriamente, y 2,6×10-7, para hermanos completos, siendo satisfactorias para fines de verificación de identidad. Las probabilidades de exclusión combinada fueron superiores a 0,999 en todos los casos, lo que se considera satisfactorio para pruebas de paternidad. Los valores críticos del score de verosimilitud (LOD) para asignación de paternidades con un 95% de confianza fueron de 7,12 para madres, 4,20 para padres y 18,67 para tríos (madre vs cría vs padre). Los porcentajes de rechazo en las paternidades reportadas basados en el principio de exclusión (al menos 2 loci discordantes) vs. aquellos basados en valores críticos de LOD, fueron respectivamente: 18,2% vs. 24,1% para las madres, 14,0% vs. 12,5% para los padres, y 34,6% vs. 26,3% para los tríos. Se observaron diferencias significativas en porcentajes de rechazo entre hatos, atribuidas mayormente a diferencias en niveles de control y supervisión de los apareamientos; así como en la rigurosidad de los registros genealógicos. Los resultados sugieren la necesidad de implementar controles aleatorios por parte de la asociación de la raza con el fin de confirmar la identidad y las relaciones de paternidad que se reportan por parte de los hatos.

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Examinando Trabajos Finales de Graduación EMV - PCVET por Materia "ADN"