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Trabajos Finales de Graduación

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Examinando Trabajos Finales de Graduación por Autor "Agüero Rojas, Kimberly"

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    Análisis de genomas obtenidos a partir de metagenomas dentro del filo Chloroflexi provenientes de tapetes microbianos de fuentes termales de Costa Rica utilizando herramientas bioinformáticas
    (Universidad Nacional (Costa Rica), 2022) Agüero Rojas, Kimberly; Uribe Lorío, Lorena
    El filo Chloroflexi está conformado por bacterias filamentosas fotoheterótrofas que se caracterizan por tener amplia diversidad metabólica y ecológica. Se pueden encontrar en distintos ambientes. Hasta el momento, no existe información acerca de su diversidad y distribución en fuentes termales de Costa Rica. El objetivo de este trabajo fue determinar la similitud y relaciones filogenéticas entre los MAGs (genomas obtenidos a partir de datos metagenómicos) de estos ambientes y genomas de referencia, además de la identificación de posibles genes relacionados con la termotolerancia. Los sitios de estudio correspondieron a 14 tapetes microbianos de fuentes termales con rangos de temperatura entre 35 °C y 75 °C. Los MAGs fueron generados mediante el binning de metagenomas. Se realizó el análisis de similitud de secuencias utilizando ANI, el análisis de calidad mediante CheckM y el programa GTDB-Tk, para obtener la clasificación taxonómica. Para la anotación y construcción del árbol filogenómico se utilizó Prokka v1.14.5 y Orthofinder v2.3.3. Para la construcción del árbol filogenético se utilizó MEGA X y Mr.Bayes. Para la búsqueda de genes relacionados con la termotolerancia se utilizó como referencia el artículo de Murata y colaboradores (2018). Se construyó una base de 143 genomas afiliados a Chloroflexi utilizando como referencia GenBank y Ensembl-Bacteria (EMBL-EBI). Se ensamblaron 74 MAGs clasificados en las clases Anaerolineae (40), Chloroflexia (10), Thermoflexia (9), Tepidiformia (7), Caldilineae (5) y Ktedonobacteria (1). Con respecto a la temperatura, Ktedonobacteria se encontró a 50 °C en la fuente termal Hornillas, Dehalococcoidea y Anaerolineae se encontraron en un rango de temperatura 35 °C a 60 °C. Chloroflexi y Caldilinea principalmente a 60 °C. Thermoflexia, específicamente Thermoflexus hugenholtzii JAD2, se encontró en la fuente termal Las Lilas (75 °C, conductividad > 13 000 uS). Se identificaron 10 genes los cuales forman parte del sistema de chaperonas, los cuales participan en el metabolismo energético y en la reparación del ADN. En este estudio, se identificaron seis clases del filo Chloroflexi, contribuyendo al conocimiento de este filo a nivel de diversidad y distribución en los tapetes microbianos de fuentes termales de Costa Rica. A partir de los resultados obtenidos, se sugiere una nueva diversidad del filo en estos ambientes, ya que el análisis filogenómico resulta en la presencia de clados distintos a los reportados en la literatura.