Trypanosomatids in Costa Rican Bats: First Molecular Evidence of the Leishmania (Viannia) guyanensis Complex and Evidence of a Broader Host Association for Trypanosoma minasense

Abstract

Purpose Molecular data on wildlife trypanosomatids in Central America remain limited, constraining our understanding of host associations and sylvatic transmission cycles in the region. We characterized Leishmania and Trypanosoma infections in Costa Rican bats and assessed contemporary circulation of Trypanosoma minasense in howler monkeys within a comparative phylogenetic framework. Methods Whole blood from 98 bats across 11 Costa Rican localities (2013–2014) was screened by PCR for Leishmania kDNA (120 bp), ITS-1 (~ 330 bp), and Trypanosoma 18 S SSU rRNA (nested PCR) with species-level identification based on sequence-confirmed amplicons. ITS-1 and 18 S amplicons were Sanger-sequenced and assigned by BLAST. For context, 18 S sequences from howler monkeys (Alouatta palliata) sampled in Costa Rica (2011–2025), including 20 animals from 2025, were included in phylogenetic analyses. Results Leishmania kDNA was detected in 4/98 bats (4.1%), but only one (Sturnira parvidens) yielded ITS-1 and clustered within the Leishmania (Viannia) guyanensis complex. Trypanosoma DNA was detected in 9/98 bats (9.2%): T. cruzi (n = 3), T. minasense (n = 3), and undetermined Trypanosoma spp. (n = 3). In 2025, 17/20 howler monkeys were PCR-positive for T. minasense; two were successfully sequenced and clustered within the Costa Rican T. minasense clade alongside bat-derived sequences. Conclusion We report the first ITS-1- confirmed molecular evidence of the L. (V.) guyanensis complex in Costa Rican bats, supporting evidence of a broader host association and long-term local persistence of T. minasense across bats and primates.Objetivo Los datos moleculares sobre los tripanosomátidos de la fauna silvestre en América Central siguen siendo limitados, lo que limita nuestra comprensión de las asociaciones con los huéspedes y los ciclos de transmisión silvestres en la región. Hemos caracterizado las infecciones por Leishmania y Trypanosoma en murciélagos de Costa Rica y hemos evaluado la circulación actual de Trypanosoma minasense en monos aulladores dentro de un marco filogenético comparativo. Métodos Se analizó mediante PCR la sangre completa de 98 murciélagos de 11 localidades de Costa Rica (2013-2014) para detectar Leishmania kDNA (120 pb), ITS-1 (~330 pb) y Trypanosoma 18 S SSU rRNA (PCR anidada), con identificación a nivel de especie basada en amplicones confirmados mediante secuenciación. Los amplicones de ITS-1 y 18S se secuenciaron mediante Sanger y se asignaron mediante BLAST. Para contextualizar, se incluyeron en los análisis filogenéticos secuencias de 18S de monos aulladores (Alouatta palliata) muestreados en Costa Rica (2011-2025), incluidos 20 animales de 2025. Resultados Se detectó ADN de Leishmania en 4 de 98 murciélagos (4,1 %), pero solo uno (Sturnira parvidens) produjo ITS-1 y se agrupó dentro del complejo Leishmania (Viannia) guyanensis. Se detectó ADN de Trypanosoma en 9 de 98 murciélagos (9,2 %): T. cruzi (n = 3), T. minasense (n = 3) y Trypanosoma spp. indeterminadas (n = 3). En 2025, 17 de 20 monos aulladores dieron positivo en PCR para T. minasense; dos se secuenciaron con éxito y se agruparon dentro del clado costarricense de T. minasense junto con secuencias derivadas de murciélagos. Conclusión Presentamos la primera evidencia molecular confirmada por ITS-1 del complejo L. (V.) guyanensis en murciélagos costarricenses, lo que respalda la evidencia de una asociación más amplia con el huésped y la persistencia local a largo plazo de T. minasense en murciélagos y primates.