Chromosome-Level Genome Reveals the Origin of Neo-Y Chromosome in the Male Barred Knifejaw Oplegnathus fasciatus

Abstract

The barred knifejaw, Oplegnathus fasciatus, is characterized by an X1X2Y system with a neo-Y chromosome for males. Here, a chromosome-level genome was assembled to investigate the origin of neo-Y chromosome to the male O. fasciatus. Twenty-three chromosomes corresponding to the male karyotypes were scaffolded to 762-Mb genome with a contig N50 length of 2.18 Mb. A large neo-Y chromosome (Ch9) in themaleO. fasciatus genomewas also assembled and exhibited high identity to those of the female chromosomes Ch8 and Ch10. Chromosome rearrangements events were detected in the neo-chromosome Ch9. Our results suggested that a centric fusion of acrocentric chromosomes Ch8 and Ch10 should be responsible for the formation of the X1X2Y system. The high-quality genome will not only provide a solid foundation for further sex-determining mechanism research in the X1X2Y system but also facilitate the artificial breeding aiming to improve the yield and disease resistance for Oplegnathus.La mandíbula barrada, Oplegnathus fasciatus, se caracteriza por un sistema X1X2Y con un cromosoma neo-Y para los machos. Aquí, se encontró un genoma a nivel de cromosomas. reunidos para investigar el origen del cromosoma neo-Y en el macho O. fasciatus. Veintitrés cromosomas correspondientes a los cariotipos masculinos. fueron estructurados en un genoma de 762 Mb con una longitud contig N50 de 2,18 Mb. Un gran El cromosoma neo-Y (Ch9) en el genoma masculino de O. fasciatus también se ensambló y exhibió una alta identidad con los de los cromosomas femeninos Ch8 y Ch10. cromosoma Se detectaron eventos de reordenamiento en el neocromosoma Ch9. Nuestro Los resultados sugirieron que una fusión céntrica de los cromosomas acrocéntricos Ch8 y Ch10 debe ser responsable de la formación del sistema X1X2Y. La alta calidad El genoma no sólo proporcionará una base sólida para una mayor determinación del sexo. Investigación del mecanismo en el sistema X1X2Y, pero también facilita la reproducción artificial. con el objetivo de mejorar el rendimiento y la resistencia a enfermedades de Oplegnathus.