Isolation, detection and characterization of swine hepatitis E virus from herds in Costa Rica

Abstract

Although swine HEV isolates from North America, Europe, and Asia have been genetically characterized, little is known about the strains presumed to be circulating in Latin America. In this study, seven commercial swine production sites in Costa Rica were surveyed for HEV. Using RT-PCR, with primers located in ORF2, 19/52 fecal samples produced a product of the expected size following two rounds of amplification. Most positive samples were from swine between the ages of 1.5 and 4 months. This study provides documented evidence for the endemicity of HE infections in swine residing in Central America. Through nucleic acid sequencing, isolates were found to be genetically similar, if not identical, with no amino acid substitutions. By comparison of swine and human HEV strains representing all four genotypes and phylogenetic analysis, our isolates closely resembled the US swine and human and other Genotype III strains, with 85–93% nucleic acid identity.Aunque se han caracterizado genéticamente aislados de VHE porcino de Norteamérica, Europa y Asia, se sabe poco de las cepas que presumiblemente circulan en Latinoamérica. En este estudio, siete sitios comerciales de producción porcina en Costa Rica fueron examinados para detectar HEV. Utilizando RT-PCR, con cebadores localizados en ORF2, 19/52 muestras fecales produjeron un producto del tamaño esperado tras dos rondas de amplificación. La mayoría de las muestras positivas procedían de cerdos de edades comprendidas entre 1,5 y 4 meses. Este estudio aporta pruebas documentadas de la endemicidad de las infecciones por HE en cerdos residentes en América Central. Mediante la secuenciación de ácidos nucleicos, se comprobó que los aislados eran genéticamente similares, si no idénticos, sin sustituciones de aminoácidos. Mediante la comparación de cepas porcinas y humanas del VHE representativas de los cuatro genotipos y el análisis filogenético, nuestros aislados se asemejaron estrechamente a las cepas porcinas y humanas estadounidenses y a otras cepas del genotipo III, con un 85-93% de identidad de ácido nucleico.