Isolation, detection and characterization of swine hepatitis E virus from herds in Costa Rica

Abstract

Although swine HEV isolates from North America, Europe, and Asia have been genetically characterized, little is known about the strains presumed to be circulating in Latin America. In this study, seven commercial swine production sites in Costa Rica were surveyed for HEV. Using RT-PCR, with primers located in ORF2, 19/52 fecal samples produced a product of the expected size following two rounds of amplification. Most positive samples were from swine between the ages of 1.5 and 4 months. This study provides documented evidence for the endemicity of HE infections in swine residing in Central America. Through nucleic acid sequencing, isolates were found to be genetically similar, if not identical, with no amino acid substitutions. By comparison of swine and human HEV strains representing all four genotypes and phylogenetic analysis, our isolates closely resembled the US swine and human and other Genotype III strains, with 85–93% nucleic acid identity.

Aunque se han caracterizado genéticamente los aislamientos del VHE en América del Norte, Europa y Asia, se sabe poco sobre las cepas que presuntamente circulan en América Latina. En este estudio, se examinaron siete sitios de producción comercial de cerdos en Costa Rica para detectar el VHE. Utilizando la RT-PCR, con cebadores situados en el ORF2, 19/52 muestras fecales produjeron un producto del tamaño esperado tras dos rondas de amplificación. La mayoría de las muestras positivas procedían de cerdos de entre 1,5 y 4 meses de edad. Este estudio aporta pruebas documentadas de la endemicidad de las infecciones por HE en los cerdos que residen en América Central. Mediante la secuenciación del ácido nucleico, se encontró que los aislados son genéticamente similares, si no idénticos, sin sustituciones de aminoácidos. Mediante la comparación de cepas de VHE porcinas y humanas que representaban los cuatro genotipos y el análisis filogenético, nuestros aislados se parecían mucho a las cepas porcinas y humanas de EE.UU. y a otras del genotipo III, con un 85-93% de identidad de ácidos nucleicos.