Neotropical bats from Costa Rica harbour diverse coronaviruses

Abstract

Bats are hosts of diverse coronaviruses (CoVs) known to potentially cross the host–species barrier. For analysing coronavirus diversity in a bat species-rich country, a total of 421 anal swabs/faecal samples from Costa Rican bats were screened for CoV RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) gene sequences by a pancoronavirus PCR. Six families, 24 genera and 41 species of bats were analysed. The detection rate for CoV was 1%. Individuals (n = 4) from four different species of frugivorous (Artibeus jamaicensis, Carollia perspicillata and Carollia

castanea) and nectivorous (Glossophaga soricina) bats were positive for coronavi- rus-derived nucleic acids. Analysis of 440 nt. RdRp sequences allocated all Costa

Rican bat CoVs to the a-CoV group. Several CoVs sequences clustered near

previously described CoVs from the same species of bat, but were phylogeneti- cally distant from the human CoV sequences identified to date, suggesting no

recent spillover events. The Glossophaga soricina CoV sequence is sufficiently dis- similar (26% homology to the closest known bat CoVs) to represent a unique

coronavirus not clustering near other CoVs found in the same bat species so far, implying an even higher CoV diversity than previously suspected.

Los murciélagos son huéspedes de diversos coronavirus (CoV) que se sabe que pueden cruzar la la barrera de la especie huésped. Para analizar la diversidad de coronavirus en un país rico en especies de murciélagos de murciélagos, se analizaron 421 muestras de hisopos anales y heces de murciélagos costarricenses de la RNA polimerasa dependiente del CoV (RdRp) mediante una PCR de pancoronavirus. PCR de pancoronavirus. Se analizaron seis familias, 24 géneros y 41 especies de murciélagos. La tasa de detección del CoV fue del 1%. Se analizaron individuos (n = 4) de cuatro especies diferentes de murciélagos frugívoros (n = 4). especies de murciélagos frugívoros (Artibeus jamaicensis, Carollia perspicillata y Carollia

castanea) y nectivoros (Glossophaga soricina) resultaron positivos a los ácidos nucleicos derivados del coronavi rus. El análisis de las secuencias de 440 nt. RdRp asignó todos los CoV de los murciélagos de Costa

de Costa Rica al grupo a-CoV. Varias secuencias de CoVs se agruparon cerca de

CoVs previamente descritos de la misma especie de murciélago, pero eran filogenéticamente distantes del CoV humano. de los CoV humanos identificados hasta la fecha, lo que sugiere que no se han producido

de la contaminación reciente. La secuencia del CoV de Glossophaga soricina es lo suficientemente dis (26% de homología con los CoVs de murciélagos conocidos más cercanos) como para representar un único

coronavirus que no se agrupa cerca de otros CoVs encontrados en la misma especie de murciélago hasta ahora, lo que implica una diversidad de CoV aún mayor de lo que se sospechaba.