Diversity of Aerobic Bacteria Isolated from Oral and Cloacal Cavities from Free-Living Snakes Species in Costa Rica Rainforest

Abstract

Costa Rica has a significant number of snakebites per year and bacterial infections are often complications in these animal bites. Hereby, this study aims to identify, characterize, and report the diversity of the bacterial community in the oral and cloacal cavities of venomous and nonvenomous snakes found in wildlife in Costa Rica.The snakes where captured by casual encounter search between August and November of 2014 in the Quebrada Gonzalez sector, in Braulio Carrillo National Park. A total of 120 swabs, oral and ´ cloacal, were taken from 16 individuals of the Viperidae and Colubridae families. Samples were cultured on four different media at room temperature. Once isolated in pure culture, colonies were identified with the VITEK 2C platform (bioMerieux). In order to ´ test the identification provided on environmental isolates, molecular analyses were conducted on 27 isolates of different bacterial species. Specific 16S rDNA PCR-mediated amplification for bacterial taxonomy was performed, then sequenced, and compared with sequences of Ribosomal Database Project (RDP). From 90 bacterial isolates, 40 different bacterial species were identified from both oral and cloacal swabs. These results indicate the diversity of opportunistic pathogens present and their potential to generate infections and zoonosis in humans.

Costa Rica tiene un número importante de mordeduras de serpientes al año y las infecciones bacterianas suelen ser complicaciones de estas mordeduras de animales. Por la presente, este estudio tiene como objetivo identificar, caracterizar y reportar la diversidad de la comunidad bacteriana en las cavidades bucales y cloacales de Serpientes venenosas y no venenosas encontradas en la vida silvestre de Costa Rica. Las serpientes fueron capturadas mediante búsqueda de encuentro casual entre Agosto y noviembre de 2014 en el sector Quebrada González, en el Parque Nacional Braulio Carrillo. Un total de 120 hisopos, orales y ´ cloacal, fueron tomadas de 16 individuos de las familias Viperidae y Colubridae. Las muestras se cultivaron en cuatro medios diferentes a temperatura ambiente. Una vez aisladas en cultivo puro, las colonias se identificaron con la plataforma VITEK 2C (bioMerieux). Con el fin de Para probar la identificación proporcionada en aislados ambientales, se realizaron análisis moleculares en 27 aislados de diferentes bacterias. especies. Se realizó una amplificación mediada por PCR de ADNr 16S específica para la taxonomía bacteriana, luego se secuenció y se comparó. con secuencias del Ribosomal Database Project (RDP). A partir de 90 aislados bacterianos, se identificaron 40 especies bacterianas diferentes. hisopos orales y cloacales. Estos resultados indican la diversidad de patógenos oportunistas presentes y su potencial para generar Infecciones y zoonosis en humanos.