ASGARD+: A New Modular Platform for Bacterial Antibiotic-Resistant Analysis

Abstract

ASGARD+ (Accelerated Sequential Genome-analysis and Antibiotic Re- sistance Detection) is a command-line platform for automatic identification

of antibiotic-resistance genes in bacterial genomes, providing an easy-to-use

interface to process big batches of sequence files from whole genome se- quencing, with minimal configuration. It also provides a CPU-optimization

algorithm that reduces the processing time. This tool consists of two main pro- tocols. The first one, ASGARD, is based on the identification and annotation of

antimicrobial resistance elements directly from the short reads using different public databases. SAGA, enables the alignment, indexing, and mapping of whole-genome samples against a reference genome for the detection and call of variants, as well as the visualization of the results through the construction of a tree of SNPs. The application of both protocols is performed using just one short command and one configuration file based on JSON syntax, which modulates each pipeline step, allowing the user to do as many interventions as needed on the different software tools that are adapted to the pipeline. The

modular ASGARD+ allows researchers with little experience in bioinfor- matic analysis and command-line use to quickly explore bacterial genomes in

depth, optimizing analysis times and obtaining accurate results. © 2023 Wiley Periodicals LLC.ASGARD+ (Accelerated Sequential Genome-analysis and Antibiotic Resistance Detection) es una plataforma de línea de comandos para la identificación automática de genes de resistencia a antibióticos en genomas bacterianos. de genes resistentes a antibióticos en genomas bacterianos, que ofrece una interfaz para procesar grandes lotes de archivos de secuencias procedentes de la secuenciación del genoma completo, con una configuración mínima. También ofrece un algoritmo de optimización que reduce el tiempo de procesamiento. Esta herramienta consta de dos protocolos principales. El primero, ASGARD, se basa en la identificación y anotación de elementos de resistencia antimicrobiana directamente a partir de las lecturas cortas utilizando diferentes bases de datos públicas. SAGA, permite la alineación, indexación y mapeo de muestras de genoma completo con un genoma de referencia para la detección y de variantes, así como la visualización de los resultados mediante la construcción de un árbol de SNPs. de un árbol de SNPs. La aplicación de ambos protocolos se lleva a cabo utilizando tan solo un comando corto y un archivo de configuración basado en sintaxis JSON, que modula cada paso del pipeline, permitiendo al usuario realizar tantas intervenciones como sea necesario en las diferentes herramientas de software que se adaptan al pipeline. El modular ASGARD+ permite a investigadores con poca experiencia en análisis bioinformático y en el uso de líneas de comandos explorar rápidamente genomas bacterianos en en profundidad, optimizando los tiempos de análisis y obteniendo resultados precisos.