Diversidad genética entre subpoblaciones raciales bovinas de Costa Rica

Abstract

El objetivo del estudio fue cuantificar la diversidad genética entre 16 subpoblaciones raciales bovinas de Costa Rica, con base en 1412 muestras de ADN bovino de todo el país, eva- luadas mediante 18 marcadores microsatélites. El número promedio de alelos (Na) por locus dentro de raza fue de 10,3, que varían entre 8 (Holstein×Jersey) y 13 (Criolla para doble pro- pósito). El número promedio de alelos efectivo (Ne) fue de 5,04, con cambios entre 4,18 (Jersey) y 5,64 (Bos taurus×Bos indicus). La heterocigo- sidad observada promedio fue de 0,77, variando entre 0,73 (Jersey) y 0,81 (Bos taurus×Bos indi- cus). La heterocigosidad esperada (He) promedio fue de 0,78, que oscilan entre 0,74 (Jersey y Holstein×Jersey) y 0,81 (Bos taurus×Bos indicus, Criolla para doble propósito y Cruces para doble propósito). El contenido de información polimór- fica (PIC) fue de 0,76, con variaciones entre 0,71 (Jersey y Holstein×Jersey) y 0,79 (Criollas para doble propósito y Cruces para doble propósito). El FIS promedio fue de 0,02, con oscilaciones entre -0,03 (Holstein×Jersey) a 0,04 (Brahman, Criolla para carne y Cruces para leche). La desviación del equilibrio Hardy Weinberg no fue significativa (p>0,05) en la mayoría de los loci para las subpoblaciones raciales. El subgru- po con mayor número de loci en desequilibrio fue Jersey (8 loci), mientras que los subgrupos Bos taurus×Bos indicus, Criolla para leche y Holstein×Jersey presentaron solo 1 locus en desequilibrio. Los índices de fijación FIS (0,02), FIT (0,05) y FST (0,03) indicaron cierta tenden- cia hacia la homocigosidad. Los dendrogramas mostraron 3 agrupaciones raciales claramente diferenciadas que coinciden con las razas de origen Bos taurus, Bos indicus y sus respectivos cruces. Los resultados del análisis indicaron que el número de microsatélites empleados sí permi- tió establecer una discriminación clara a nivel de las frecuencias alélicas y en la distribución del tamaño de los alelos entre las subpoblaciones de distintas especies y aún entre razas puras.Genetic diversity among bovine racial subpopulations of Costa Rica. The objetive of this study was to quantify the genetic diversity among 16 bovine racial subpopulations of Costa Rica, based on 1412 samples of bovine DNA from around the country, which were evaluated using 18 microsatellite markers. Average number of alleles (Na) per locus within breed was 10.3, ranging from 8 (Holstein×Jersey) to 13 (Dual Purpose Creole). Average number of effective alleles (Ne) was 5.04, ranging between 4.18 (Jersey) and 5.64, (Bos taurus×Bos indicus). Average observed heterocigozity (Ho) was 0.77, varying between 0.73 (Jersey) and 0.81 (Bos taurus×Bos indicus). Average expected heterocigozity (He) was 0.78, oscillating between 0.74 (Jersey and Holstein×Jersey) and 0.81 (Bos taurus×Bos indicus, dual purpose Creole and dual purpose Crosses). The polymorphic information content (PIC) was 0.76, ranging between 0.71 (Jersey and Holstein×Jersey) and 0.79 (dual purpose Creole and dual purpose crosses). Average FIS was 0.02, ranging from -0.03 (Holstein×Jersey) to 0.04 (Brahman, Beef Creole and Dairy crosses). Deviation from Hardy Weinberg equilibrium was not significant (p>0.05) for the majority of loci within racial subpopulations. Subgroup with the highest number of loci in disequilibrium was Jersey (8 loci), while subgroups Bos taurus×Bos indicus, Dairy Creole and Holstein×Jersey showed only 1 locus in disequilibrium. Fixation indexes FIS (0.02), FIT (0.05) and FST (0.03) indicated some tendency towards homocigozity. The dendrograms showed 3 distinct racial groups that match races of Bos taurus, origin Bos indicus and their crosses. The results of the analysis indicated that the number of microsatellites used allowed to establish a clear discrimination at the level of the alelic frequencies and in the distribution of the size of aleles between the subpopulations of different species and even between pure races.