First morphometric and molecular study of Hemicriconemoides (Nematoda: Criconematidae) in Costa Rica

Abstract

Hemicriconemoides spp. are migratory root ectoparasites and are widely distributed in warm tropical and subtropical regions. The objective of this study was to identify Hemicriconemoides species using morphometric and molecular methods to contribute to our understanding of these organisms. Soil samples were collected from cacao, mint, ornamental plants, fig trees, Aloe vera, and grasses. Nematodes were isolated using the sieving and flotation-centrifugation methods, and their morphology was evaluated using optical microscopy. Molecular analysis was performed by sequencing the D2-D3 expansion domains of the 28S ribosomal gene, as well as the ITS1 region and the mitochondrial cytochrome c oxidase (COI) subunit I gene, which allowed for phylogenetic analysis between the species identified in this study and others reported in GenBank. Two nematode species were identified: H. strictathecatus and H. rosae, representing the first record and characterization of these species in Costa Rica. Phylogenetic analysis of all sequenced regions highlights the importance of using molecular data for accurate species identification. Furthermore, our findings will be useful for determining which other species exist in Costa Rica and with which crops they may be associated.

Hemicriconemoides spp. son ectoparásitos migratorios de raíces y están ampliamente distribuidos en áreas cálidas de los trópicos y subtrópicos. El objetivo de este estudio fue identificar especies de Hemicriconemoides utilizando métodos morfométricos y moleculares para contribuir al conocimiento de estos organismos. Se recolectaron muestras de suelo de cacao, hierbabuena, plantas ornamentales, higuera, Aloe vera y pastos. Los nematodos se aislaron utilizando el método de tamizado y flotación-centrifugación, y su morfología se evaluó mediante microscopía óptica. El análisis molecular se realizó mediante la secuenciación de los dominios de expansión D2-D3 del gen ribosomal 28S, así como la región ITS1 y el gen mitocondrial de la subunidad I del citocromo c oxidasa (COI), lo que permitió el análisis filogenético entre las especies identificadas en este estudio y otras reportadas en el GenBank. Se identificaron dos especies de nematodos: H. strictathecatus y H. rosae, representado el primer registro y caracterización de estas especies en Costa Rica. El análisis filogenético de todas las regiones secuenciadas destaca la importancia de utilizar datos moleculares para la identificación precisa de especies. Además, nuestros hallazgos serán útiles para determinar qué otras especies existen en Costa Rica y a cuáles cultivos pueden estar asociadas.