Chromosome-level genome assembly of the silver pomfret Pampus argenteus

Abstract

Abstract. Pampus argenteus (Euphrasen, 1788) is one of the major fishery species in coastal China. Pampus argenteus has a highly specialized morphology, and its declining fishery resources have encouraged massive research efforts on its aquacultural biology. In this study, we reported the first high-quality chromosome-level genome of P. argenteus obtained by integrating Illumina, PacBio HiFi, and Hi-C sequencing techniques. The final size of the genome was 518.06 Mb, with contig and scaffold N50 values of 20.47 and 22.86 Mb, respectively. The sequences were anchored and oriented onto 24 pseudochromosomes based on Hi-C data corresponding to the 24-chromatid karyotype of P. argenteus. A colinear relationship was observed between the P. argenteus genome and that of a closely related species (Scomber japonicus). A total of 24,696 protein-coding genes were identified from the genome, 98.9% of which were complete BUSCOs. This report represents the first case of high-quality chromosome-level genome assembly for P. argenteus and can provide valuable information for future evolutionary, conservation, and aquacultural research.

Resumen. El Pampus argenteus (Euphrasen, 1788) es una de las principales especies pesqueras de la costa china. Pampus argenteus tiene una morfología altamente especializada, y sus recursos pesqueros en declive han fomentado esfuerzos masivos de investigación sobre su biología acuícola. En este estudio, presentamos el primer genoma de alta calidad a nivel cromosómico de P. argenteus obtenido mediante la integración de las técnicas de secuenciación Illumina, PacBio HiFi y Hi-C. El tamaño final del genoma fue de 518,06 Mb, con valores N50 de contig y scaffold de 20,47 y 22,86 Mb, respectivamente. Las secuencias se anclaron y orientaron en 24 pseudocromosomas basados en datos Hi-C correspondientes al cariotipo de 24 cromátidas de P. argenteus. Se observó una relación colineal entre el genoma de P. argenteus y el de una especie estrechamente emparentada (Scomber japonicus). Se identificaron en el genoma un total de 24.696 genes codificadores de proteínas, el 98,9% de los cuales eran BUSCO completos. Este informe representa el primer caso de ensamblaje genómico de alta calidad a nivel cromosómico para P. argenteus y puede proporcionar información valiosa para futuras investigaciones sobre evolución, conservación y acuicultura.