Field evaluation of a multiplex real-time reverse transcription polymerase chain reaction assay for detection of Vesicular stomatitis virus

Abstract

Sporadic outbreaks of vesicular stomatitis (VS) in the United States result in significant

economic losses for the U.S. livestock industries because VS is a reportable disease that clinically mimics foot- and-mouth disease. Rapid and accurate differentiation of these 2 diseases is critical because their consequences

and control strategies differ radically. The objective of the current study was to field validate a 1-tube multiplexed real-time reverse transcription polymerase chain reaction (real-time RT-PCR) assay for the rapid detection of Vesicular stomatitis New Jersey virus and Vesicular stomatitis Indiana virus strains occurring in Mexico and North and Central America. A comprehensive collection of 622 vesicular lesion samples obtained

from cattle, horses, and swine from throughout Mexico and Central America was tested by the real-time RT- PCR assay and virus isolation. Overall, clinical sensitivity and specificity of the real-time RT-PCR were 83%

and 99%, respectively. Interestingly, VS virus isolates originating from a specific region of Costa Rica were not detected by real-time RT-PCR. Sequence comparisons of these viruses with the real-time RT-PCR probe and primers showed mismatches in the probe and forward and reverse primer regions. Additional lineage-specific primers and a probe corrected the lack of detection of the missing genetic lineage. Thus, this assay reliably identified existing Mexican and Central American VS viruses and proved readily adaptable as new VS viruses were encountered. An important secondary result of this research was the collection of hundreds of new VS virus isolates that provide a foundation from which many additional studies can arise.Los brotes esporádicos de estomatitis vesicular (EV) en los Estados Unidos provocan importantes

pérdidas económicas para las industrias ganaderas estadounidenses, ya que la estomatitis vesicular es una enfermedad de declaración obligatoria que se asemeja clínicamente a la fiebre aftosa. y la fiebre aftosa. La diferenciación rápida y precisa de estas dos enfermedades es fundamental porque sus consecuencias y estrategias de control difieren radicalmente.

y las estrategias de control difieren radicalmente. El objetivo de este estudio es validar en el terreno un método de transcripción inversa de reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa en tiempo real (RT-PCR) para la detección rápida de la de la estomatitis vesicular de Nueva Jersey y del virus de la estomatitis vesicular de Indiana en México, Norteamérica y Centroamérica. México y América del Norte y Central. Una amplia colección de 622 muestras de lesiones vesiculares obtenidas

de ganado bovino, equino y porcino de todo México y Centroamérica fue analizada mediante el ensayo RT- PCR en tiempo real y el aislamiento del virus. En general, la sensibilidad y la especificidad clínicas de la RT-PCR en tiempo real fueron del 83% y el 99%, respectivamente.

y 99%, respectivamente. Curiosamente, no se detectaron por RT-PCR en tiempo real aislamientos del virus de la VS procedentes de una región específica de Costa Rica. detectados por la RT-PCR en tiempo real. Las comparaciones de la secuencia de estos virus con la sonda y los cebadores de la RT-PCR en tiempo real mostraron desajustes en el y los cebadores en tiempo real mostraron desajustes en la sonda y en las regiones del cebador directo e inverso. Los cebadores y la sonda adicionales, específicos para cada linaje, corrigieron la falta de Los cebadores adicionales y la sonda corrigieron la falta de detección del linaje genético que faltaba. Por lo tanto, este ensayo identificó de forma fiable identificó de forma fiable los virus VS existentes en México y Centroamérica y demostró ser fácilmente adaptable a medida que se encontraban nuevos virus VS. nuevos virus VS. Un resultado secundario importante de esta investigación fue la recopilación de cientos de nuevos aislamientos de virus VS que proporcionan una base a partir de la cual pueden surgir muchos otros estudios. Evaluación de campo de un ensayo múltiplex de transcripción inversa en tiempo real en cadena de la polimerasa para la detección del virus de la estomatitis vesicular