Pathogenicity and its implications in Taxonomy: The Brucella and Ochrobactrum Case

Abstract

The intracellular pathogens of the genus Brucella are phylogenetically close to Ochrobac- trum, a diverse group of free-living bacteria with a few species occasionally infecting medically

compromised patients. A group of taxonomists recently included all Ochrobactrum organisms in the genus Brucella based on global genome analyses and alleged equivalences with genera such as Mycobacterium. Here, we demonstrate that such equivalencies are incorrect because they overlook the complexities of pathogenicity. By summarizing Brucella and Ochrobactrum divergences in lifestyle, structure, physiology, population, closed versus open pangenomes, genomic traits, and pathogenicity, we show that when they are adequately understood, they are highly relevant in taxonomy and not unidimensional quantitative characters. Thus, the Ochrobactrum and Brucella differences are not limited to their assignments to different “risk-groups”, a biologically (and hence, taxonomically) oversimplified description that, moreover, does not support ignoring the nomen periculosum rule, as proposed. Since the epidemiology, prophylaxis, diagnosis, and treatment are thoroughly unrelated,

merging free-living Ochrobactrum organisms with highly pathogenic Brucella organisms brings evi- dent risks for veterinarians, medical doctors, and public health authorities who confront brucellosis,

a significant zoonosis worldwide. Therefore, from taxonomical and practical standpoints, the Brucella and Ochrobactrum genera must be maintained apart. Consequently, we urge researchers, culture collections, and databases to keep their canonical nomenclature.Los patógenos intracelulares del género Brucella son filogenéticamente próximos a Ochrobactrum, un grupo diverso de bacterias de vida libre con unas pocas especies que infectan ocasionalmente a pacientes médicamente comprometidos. Un grupo de taxónomos incluyó recientemente todos los organismos Ochrobactrum en el género Brucella basándose en análisis genómicos globales y en supuestas equivalencias con géneros como Mycobacterium. Aquí demostramos que tales equivalencias son incorrectas porque pasan por alto las complejidades de la patogenicidad. Al resumir las divergencias de Brucella y Ochrobactrum en cuanto a estilo de vida, estructura, fisiología, población, pangenomas cerrados frente a abiertos, rasgos genómicos y patogenicidad, demostramos que, cuando se comprenden adecuadamente, son muy relevantes en taxonomía y no caracteres cuantitativos unidimensionales. Así, las diferencias entre Ochrobactrum y Brucella no se limitan a su asignación a diferentes "grupos de riesgo", una descripción biológica (y, por tanto, taxonómica) excesivamente simplificada que, además, no permite ignorar la regla del nomen periculosum, como se ha propuesto. Dado que la epidemiología, la profilaxis, el diagnóstico y el tratamiento no tienen nada que ver, la fusión de organismos Ochrobactrum de vida libre con organismos Brucella altamente patógenos conlleva riesgos evidentes para los veterinarios, los médicos y las autoridades de salud pública que se enfrentan a la brucelosis, una zoonosis importante en todo el mundo. Por lo tanto, desde el punto de vista taxonómico y práctico, los géneros Brucella y Ochrobactrum deben mantenerse separados. En consecuencia, instamos a los investigadores, a las colecciones de cultivos y a las bases de datos a mantener su nomenclatura canónica.