Mesoamerican tree squirrels evolution (Rodentia: Sciuridae): a molecular phylogenetic analysis

Abstract

The tribe Sciurini comprehends the genera Sciurus, Syntheosiurus, Microsciurus, Tamiasciurus and Rheinthrosciurus. The phylogenetic relationships within Sciurus have been only partially done, and the relation ship between Mesoamerican species remains unsolved. The phylogenetic relationships of the Mesoamerican tree squirrels were examined using molecular data. Sequence data publicly available (12S, 16S, CYTB mitochondrial genes and IRBP nuclear gene) and cytochrome B gene sequences of four previously not sampled Mesoamerican Sciurus species were analyzed under a Bayesian multispecies coalescence model. Phylogenetic analysis of the multilocus data set showed the neotropical tree squirrels as a monophyletic clade. The genus Sciurus was para phyletic due to the inclusion of Microsciurus species (M. alfari and M. flaviventer). The South American species S. aestuans and S. stramineus showed a sister taxa relationship. Single locus analysis based on the most compact and complete data set (i.e. CYTB gene sequences), supported the monophyly of the South American species and recovered a Mesoamerican clade including S. aureogaster, S. granatensis and S. variegatoides. These results corroborated previous findings based on cladistic analysis of cranial and post-cranial characters. Our data sup port a close relationship between Mesoamerican Sciurus species and a sister relationship with South American species, and corroborates previous findings in relation to the polyphyly of Microsciurus and Syntheosciurus’ paraphyly. Rev. Biol. Trop. 62 (2): 649-657. Epub 2014 June 01.La tribu Sciurini comprende los géneros Sciurus, Syntheosiurus, Microsciurus, Tamiasciurus y Rheinthrosciurus. Las relaciones filogenéticas dentro de Sciurus se han hecho solo parcialmente, y la relación entre las especies mesoamericanas sigue sin resolverse. Las relaciones filogenéticas de las ardillas arbóreas mesoamericanas se examinaron utilizando datos moleculares. Los datos de secuencia disponibles públicamente (12S, 16S, genes mitocondriales CYTB y gen nuclear IRBP) y las secuencias del gen del citocromo B de cuatro especies mesoamericanas de Sciurus no muestreadas previamente se analizaron bajo un modelo de coalescencia multiespecie bayesiano. El análisis filogenético del conjunto de datos multilocus mostró que las ardillas arbóreas neotropicales eran un clado monofilético. El género Sciurus fue parafilético debido a la inclusión de especies de Microsciurus (M. alfari y M. flaviventer). Las especies sudamericanas S. aestuans y S. stramineus mostraron una relación taxonómica hermana. El análisis de locus único basado en el conjunto de datos más compacto y completo (es decir, secuencias del gen CYTB), apoyó la monofilia de las especies sudamericanas y recuperó un clado mesoamericano que incluía a S. aureogaster, S. granatensis y S. variegatoides. Estos resultados corroboraron hallazgos previos basados ​​en análisis cladísticos de caracteres craneales y poscraneales. Nuestros datos respaldan una estrecha relación entre las especies mesoamericanas de Sciurus y una relación de hermanas con especies sudamericanas, y corroboran hallazgos previos en relación con la polifilia de Microsciurus y la parafilia de Syntheosciurus. Rev. Biol. trop. 62 (2): 649-657. Epub 2014 01 de junio.