Chromogenic, Biochemical and Proteomic Identification of Yeast and Yeast-like Microorganisms Isolated from Clinical Samples from Animals of Costa Rica

Abstract

Yeast infections are challenging human and animal medicine due to low rates of detection and the emergence of unknown ecology isolates. The aim of this study was to verify the biochemical identification of yeasts and yeast-like microorganisms obtained from animals comparing the results with chromogenic media and matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF MS). Between January and August 2023, yeast and yeast-like isolates from samples of animals with suspicion of mycosis were identified using Vitek® 2 Compact, Brilliance® Candida Agar and MALDI Biotyper® MSP. A total of 39 cases were included, and 45 isolations were obtained. Cryptococcus neoformans (15.5%, 7/45), Meyerozyma guilliermondii (13.3%, 6/45), Candida parapsilosis (11.1%, 5/45), Candida albicans and Candida tropicalis (8.9%, each one 4/45) were the most identified organisms. There was full agreement with the three identification methods in 71.1% (32/45) of the isolates, disagreement on species in 17.8% (8/45), disagreement on genus and species in 6.7% (3/45) and, in 4.4% (2/45), there was no matched pattern in MALDI-TOF to compare the results. Biochemical methods are a good option in laboratories where proteomics are not available, and chromogenic media enhances diagnostics by detecting mixed infections. Surveillance must be implemented to improve the detection of agents shared between humans and animals.

Las infecciones por levaduras suponen un reto para la medicina humana y animal debido a las bajas tasas de detección y a la aparición de aislados de ecología desconocida. El objetivo de este estudio fue verificar la identificación bioquímica de levaduras y microorganismos similares a las levaduras obtenidos de animales comparando los resultados con medios cromogénicos y desorción/ionización por láser asistida por matriz de tiempo de vuelo (MALDI-TOF MS). Entre enero y agosto de 2023, se identificaron aislados de levaduras y similares procedentes de muestras de animales con sospecha de micosis utilizando Vitek® 2 Compact, Brilliance® Candida Agar y MALDI Biotyper® MSP. Se incluyeron 39 casos y se obtuvieron 45 aislamientos. Cryptococcus neoformans (15,5%, 7/45), Meyerozyma guilliermondii (13,3%, 6/45), Candida parapsilosis (11,1%, 5/45), Candida albicans y Candida tropicalis (8,9%, 4/45 cada una) fueron los organismos más identificados. Hubo acuerdo total con los tres métodos de identificación en el 71,1% (32/45) de los aislados, desacuerdo en la especie en el 17,8% (8/45), desacuerdo en el género y la especie en el 6,7% (3/45) y, en el 4,4% (2/45), no hubo patrón coincidente en MALDI-TOF para comparar los resultados. Los métodos bioquímicos son una buena opción en los laboratorios en los que no se dispone de proteómica, y los medios cromogénicos mejoran el diagnóstico al detectar infecciones mixtas. Se debe implementar la vigilancia para mejorar la detección de agentes compartidos entre humanos y animales.