Diversidad genética entre subpoblaciones raciales bovinas de Costa Rica
Date
2015-06-17Author
Cordero, Juan Miguel
Chacón, Idania
León, Bernal
Vargas Leitón, Bernardo
Martínez, Marco
Metadata
Show full item recordAbstract
El objetivo del estudio fue cuantificar
la diversidad genética entre 16 subpoblaciones
raciales bovinas de Costa Rica, con base en 1412
muestras de ADN bovino de todo el país, eva-
luadas mediante 18 marcadores microsatélites.
El número promedio de alelos (Na) por locus
dentro de raza fue de 10,3, que varían entre 8
(Holstein×Jersey) y 13 (Criolla para doble pro-
pósito). El número promedio de alelos efectivo
(Ne) fue de 5,04, con cambios entre 4,18 (Jersey)
y 5,64 (Bos taurus×Bos indicus). La heterocigo-
sidad observada promedio fue de 0,77, variando
entre 0,73 (Jersey) y 0,81 (Bos taurus×Bos indi-
cus). La heterocigosidad esperada (He) promedio
fue de 0,78, que oscilan entre 0,74 (Jersey y
Holstein×Jersey) y 0,81 (Bos taurus×Bos indicus,
Criolla para doble propósito y Cruces para doble
propósito). El contenido de información polimór-
fica (PIC) fue de 0,76, con variaciones entre 0,71
(Jersey y Holstein×Jersey) y 0,79 (Criollas para
doble propósito y Cruces para doble propósito).
El FIS promedio fue de 0,02, con oscilaciones
entre -0,03 (Holstein×Jersey) a 0,04 (Brahman,
Criolla para carne y Cruces para leche). La
desviación del equilibrio Hardy Weinberg no
fue significativa (p>0,05) en la mayoría de los
loci para las subpoblaciones raciales. El subgru-
po con mayor número de loci en desequilibrio fue Jersey (8 loci), mientras que los subgrupos
Bos taurus×Bos indicus, Criolla para leche y
Holstein×Jersey presentaron solo 1 locus en
desequilibrio. Los índices de fijación FIS (0,02),
FIT (0,05) y FST (0,03) indicaron cierta tenden-
cia hacia la homocigosidad. Los dendrogramas
mostraron 3 agrupaciones raciales claramente
diferenciadas que coinciden con las razas de
origen Bos taurus, Bos indicus y sus respectivos
cruces. Los resultados del análisis indicaron que
el número de microsatélites empleados sí permi-
tió establecer una discriminación clara a nivel de
las frecuencias alélicas y en la distribución del
tamaño de los alelos entre las subpoblaciones de
distintas especies y aún entre razas puras. Genetic diversity among bovine racial
subpopulations of Costa Rica. The objetive of
this study was to quantify the genetic diversity
among 16 bovine racial subpopulations of Costa
Rica, based on 1412 samples of bovine DNA from
around the country, which were evaluated using 18
microsatellite markers. Average number of alleles
(Na) per locus within breed was 10.3, ranging
from 8 (Holstein×Jersey) to 13 (Dual Purpose
Creole). Average number of effective alleles
(Ne) was 5.04, ranging between 4.18 (Jersey)
and 5.64, (Bos taurus×Bos indicus). Average
observed heterocigozity (Ho) was 0.77, varying
between 0.73 (Jersey) and 0.81 (Bos taurus×Bos
indicus). Average expected heterocigozity (He)
was 0.78, oscillating between 0.74 (Jersey and
Holstein×Jersey) and 0.81 (Bos taurus×Bos
indicus, dual purpose Creole and dual purpose
Crosses). The polymorphic information content
(PIC) was 0.76, ranging between 0.71 (Jersey and
Holstein×Jersey) and 0.79 (dual purpose Creole
and dual purpose crosses). Average FIS was
0.02, ranging from -0.03 (Holstein×Jersey) to
0.04 (Brahman, Beef Creole and Dairy crosses).
Deviation from Hardy Weinberg equilibrium was
not significant (p>0.05) for the majority of loci
within racial subpopulations. Subgroup with the
highest number of loci in disequilibrium was Jersey (8 loci), while subgroups Bos taurus×Bos
indicus, Dairy Creole and Holstein×Jersey
showed only 1 locus in disequilibrium. Fixation
indexes FIS (0.02), FIT (0.05) and FST (0.03)
indicated some tendency towards homocigozity.
The dendrograms showed 3 distinct racial groups
that match races of Bos taurus, origin Bos indicus
and their crosses. The results of the analysis
indicated that the number of microsatellites used
allowed to establish a clear discrimination at
the level of the alelic frequencies and in the
distribution of the size of aleles between the
subpopulations of different species and even
between pure races.
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