Highly diversified coronaviruses in neotropical bats

Abstract

Bats host a broad diversity of coronaviruses (CoVs), including close relatives of human pathogens. There is only limited data on neotropical bat CoVs. We analysed faecal, blood and intestine specimens from 1562 bats sampled in Costa Rica, Panama, Ecuador and Brazil for CoVs by broad-range PCR. CoV RNA was detected in 50 bats representing nine different species, both frugivorous and insectivorous. These bat CoVs were unrelated to known human or animal pathogens, indicating an absence of recent zoonotic spill-over events. Based on RNAdependent RNA polymerase (RdRp)-based grouping units (RGUs) as a surrogate for CoV species identification, the 50 viruses represented five different alphacoronavirus RGUs and two betacoronavirus RGUs. Closely related alphacoronaviruses were detected in Carollia perspicillata and C. brevicauda across a geographical distance exceeding 5600 km. Our study expands the knowledge on CoV diversity in neotropical bats and emphasizes the association of distinct CoVs and bat host genera.Los murciélagos albergan una gran diversidad de coronavirus (CoV), incluidos parientes cercanos de patógenos humanos. Sólo se dispone de datos limitados sobre los CoV de murciélagos neotropicales. Analizamos muestras fecales, sanguíneas e intestinales de 1.562 murciélagos muestreados en Costa Rica, Panamá, Ecuador y Brasil en busca de CoV mediante PCR de amplio espectro. Se detectó ARN de CoV en 50 murciélagos de nueve especies distintas, tanto frugívoras como insectívoras. Estos CoV de murciélago no estaban relacionados con patógenos humanos o animales conocidos, lo que indica la ausencia de eventos zoonóticos recientes. Sobre la base de las unidades de agrupación (UGR) basadas en la ARN polimerasa dependiente del ARN (RdRp) como sustituto para la identificación de especies de CoV, los 50 virus representaban cinco UGR diferentes de alfacoronavirus y dos de betacoronavirus. Se detectaron alfacoronavirus estrechamente relacionados en Carollia perspicillata y C. brevicauda a lo largo de una distancia geográfica superior a 5600 km. Nuestro estudio amplía los conocimientos sobre la diversidad de CoV en murciélagos neotropicales y subraya la asociación de CoV distintos y géneros de murciélagos hospedadores.