A novel host-adapted strain of SalmonellaTyphimurium causes renal disease in olive ridley turtles (Lepidochelys olivacea) in the Pacifc

Abstract

Salmonella spp. are frequently shed by wildlife including turtles, but S. enterica subsp. enterica serovar Typhimurium or lesions associated with Salmonella are rare in turtles. Between 1996 and 2016, we necropsied 127 apparently healthy pelagic olive ridley turtles (Lepidochelys olivacea) that died from drowning bycatch in fisheries and 44 live or freshly dead stranded turtles from the west coast of North and Central America and Hawaii. Seven percent (9/127) of pelagic and 47% (21/44) of stranded turtles had renal granulomas associated with S. Typhimurium. Stranded animals were 12 times more likely than pelagic animals to have Salmonella-induced nephritis suggesting that Salmonella may have been a contributing cause of stranding. S. Typhimurium was the only Salmonella serovar detected in L. olivacea, and phylogenetic analysis from whole genome sequencing showed that the isolates from L. olivacea formed a single clade distinct from other S. Typhimurium. Molecular clock analysis revealed that this novel clade may have originated as recently as a few decades ago. The phylogenetic lineage leading to this group is enriched for non-synonymous changes within the genomic area of Salmonella pathogenicity island 1 suggesting that these genes are important for host adaptation.Salmonella spp. con frecuencia son arrojados por la vida silvestre, incluidas las tortugas, pero S. enterica subsp. enterica serovar Typhimurium o lesiones asociadas con Salmonella son raras en las tortugas. Entre 1996 y 2016, realizamos necropsias de 127 tortugas golfinas pelágicas aparentemente sanas (Lepidochelys olivacea) que murieron ahogadas por captura incidental en pesquerías y 44 tortugas varadas vivas o recién muertas de la costa oeste de América del Norte y Central y Hawái. El siete por ciento (9/127) de las tortugas pelágicas y el 47% (21/44) de las tortugas varadas tenían granulomas renales asociados con S. Typhimurium. Los animales varados tenían 12 veces más probabilidades que los animales pelágicos de tener nefritis inducida por Salmonella, lo que sugiere que Salmonella puede haber sido una causa contribuyente de los varamientos. S. Typhimurium fue el único serovariedad de Salmonella detectado en L. olivacea, y el análisis filogenético de la secuenciación del genoma completo mostró que los aislamientos de L. olivacea formaban un único clado distinto de otros S. Typhimurium. El análisis del reloj molecular reveló que este nuevo clado puede haberse originado tan recientemente como hace unas décadas. El linaje filogenético que conduce a este grupo está enriquecido por cambios no sinónimos dentro del área genómica de la isla 1 de patogenicidad de Salmonella, lo que sugiere que estos genes son importantes para la adaptación del huésped.