Bolívar‑González, AlejandroMolina-Bravo, RamónSolano-Sánchez, WilliamAraya-Valverde, EmanuelIvamoto-Suzuki, Suzana T.Pereira, Luiz F. P.Gatica-Arias, Andrés2025-10-062025-10-062022-12-1009259864https://hdl.handle.net/11056/33138Development of efcient and scalable methods for molecular identifcation of Cofea spp. are necessary to accelerate studies related to the characterization of germplasm for both conservation or breeding purposes, and the validation of cofee germplasm. The low genetic diversity of cofee hinders the establishment of protocols that facilitate the molecular characterization of a given genotype. In this study, nucleotide variability was analyzed at 22 loci in the genome of 19 cofee accessions using de novo primer sets and high-resolution melting (HRM). Single nucleotide polymorphisms (SNPs) variants were studied in coding regions of genes implicated in sucrose accumulation in the seed, Sucrose synthase 2 (SUS2), Ent kaurene oxidase 1 (CaKO1), and Cafeoyl-coenzyme A 3-O-methyltransferase (CcOAOMT). The non-coding Internal transcribed spacer 2 (ITS2) region was also studied. Variability was shown at 103 positions both at the interspecies level (15 loci) and among varieties of Cofea arabica L. (4 loci). The HMR technique for identifcation of variants in genes CaKO1, SUS2, CcoAOMT, as well as in the ITS2 region proved to be a robust technique for germplasm characterization. More important this technique can be used for fngerprinting and traceability of cofee grain exports which is an increasing market-consumer demand.El desarrollo de métodos eficientes y escalables para la identificación molecular de Cofea spp. es necesario para acelerar los estudios relacionados con la caracterización de germoplasma, tanto para fines de conservación o mejoramiento genético, como para la validación del germoplasma de café. La baja diversidad genética del café dificulta el establecimiento de protocolos que faciliten la caracterización molecular de un genotipo determinado. En este estudio, se analizó la variabilidad de nucleótidos en 22 loci del genoma de 19 accesiones de café utilizando conjuntos de cebadores de novo y fusión de alta resolución (HRM). Se estudiaron variantes de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en regiones codificantes de genes implicados en la acumulación de sacarosa en la semilla: sacarosa sintasa 2 (SUS2), Ent kaureno oxidasa 1 (CaKO1) y cafeoil-coenzima A 3-O-metiltransferasa (CcOAOMT). También se estudió la región no codificante del espaciador transcrito interno 2 (ITS2). Se observó variabilidad en 103 posiciones, tanto a nivel interespecífico (15 loci) como entre variedades de Cofea arabica L. (4 loci). La técnica HMR para la identificación de variantes en los genes CaKO1, SUS2 y CcoAOMT, así como en la región ITS2, demostró ser una técnica robusta para la caracterización de germoplasma. Más importante aún, esta técnica puede utilizarse para la identificación y trazabilidad de las exportaciones de grano de café, una demanda creciente del mercado y del consumidor.engAttribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 Internationalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/CAFÉGERMOPLASMAGENOTIPOSMERCADOCOFFEEGENOTYPEGERMPLASMGENÉTICA MOLECULARMOLECULAR GENETICShttp://purl.org/coar/resource_type/c_650110.1007/s10722-022-01498-0